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Kumaichi Horiguchi, Encargado de Negocios en la Legación de Japón en México, brinda refugio y protección a la esposa del Presidente Madero y sus familiares, durante los sucesos de la "Decena Trágica
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México comunica a la Cancillería japonesa la suspensión de relaciones diplomáticas y el cierre de la Legación en Tokio y del Consulado en Yokohama, en respuesta al ataque a Pearl Harbor y el desencadenamiento de la Guerra del Pacífico.
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El edificio de la Legación mexicana es destruido por los incendios que ocasionan los bombardeos aéreos de las fuerzas aliadas en Tokio, el 24 de mayo, meses antes del fin de la guerra.
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49 naciones incluyendo a México, firmaron en San Francisco el Tratado de Paz con Japón.
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México promueve en las Naciones Unidas una resolución para establecer la paz con Japón y su reincorporación a la comunidad internacional, misma que es aprobada ese mismo año por la Asamblea General de la organización.
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Firma del Convenio Cultural entre México y Japón, en la Ciudad de Mexico.
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Primera visita oficial de un Jefe de Gobierno japonés a México, efectuada por el Premier Shinsuke Kishi.
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Visita a Japón del Presidente Luis Echeverría.
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Acuerdo de hermanamiento entre la ciudad de Sendai, prefectura de Miyagi, y Acapulco. Convenio de Servicios Aéreos entre México y Japón, firmado en Tokio
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Visita a Japón del Presidente José López Portillo. Se celebran tres acuerdos de hermanamiento entre Nagoya y el Distrito Federal; Ootaki, prefectura de Chiba y Cuernavaca; y Onjuku, prefectura de Chiba, y Acapulco.
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Visita a México del Primer Ministro Zenko Suzuki.
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Convenio sobre Cooperación Técnica entre México y Japón, firmado en Tokio.
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Visita Oficial a México del Príncipe Heredero Naruhito.
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Acuerdo de hermanamiento entre la prefectura de Wakayama y el Estado de Sinaloa.
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Visita a México del Príncipe Akishino con motivo de los festejos del centenario de la primera migración japonesa a México.
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Se reorganiza la Federación Parlamentaria de Amistad Japón-México, presidida por el ex Primer Ministro Ryutaro Hashimoto.
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Firma del Acuerdo de Asociación Económica por el Presidente de México, Vicente Fox y el Primer Ministro de Japón, Junichiro Koizumi.
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El Príncipe Naruhito asistió al IV Foro Mundial del Agua celebrado en México.
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Visita a México de la Viceministra de Relaciones Exteriores, Midori Matsushima, para presidir la delegación japonesa a la 3ª reunión del Comité para el Mejoramiento del Ambiente Negocios del AAE.
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Visita Oficial de Trabajo a Japón del Presidente Felipe Calderón. En este marco se establece la Asociación Estratégica Global entre ambos países.
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Visita del Grupo de Amistad México-Japón de la Cámara de Diputados, encabezado por la Dip. Beatriz Yamamoto Cázares.