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Nació José Isidoro Morales Córdova, en Talmanalco EDOMX. Sus padres fueron: Don José María Morales y Doña Carmen Córdova
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Contando con 13 años y medio ingresa al CAPF San Francisco de Pachuca, debido a la fama frailes de santidad.
El 19 de noviembre del mismo año recibe el habito de donado en dicho Colegio. -
Contando con quince años cumplidos, inicia el noviciado canónico. Cuando toma el hábito religiosos cambia su nombre por el de: José del Refugio Morales Córdova. Este hecho nos recuerda la devoción que tenía NP a María Santísima, bajo la advocación del Refugio.
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El 16 de mayo, una vez terminado su noviciado, profesó sus votos solemnes.
Conviene recordar que en aquellos tiempos, en las Ordenes religiosas antiguas, no era costumbre emitir votos temporales al terminar el noviciado.
Después de su profesión NP se dedicó al estudio de humanidades, filosofía, teología, Sagradas Escrituras y patrística especialmente a San Agustín y Santo Tomás de Aquino. -
Lleno de amor a Dios, NPF recibe su unción sacerdotal. Al día siguiente (9 de julio)celebró su cantamisa donde experimentó un éxtasis y realiza su voto personal: "Ser todo de Jesucristo"
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Debido a las leyes de reforma, los religiosos del CAPF de Pachuca fueron exclaustrados. Entre ellos, NP Refugito fue asignado al servicio de la Iglesia de la Encarnación en la CDMX