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El rey asturiano Alfonso II se trasladó desde Oviedo con toda su corte y reconoció la existencia del sepulcro del Apóstol Santiago, declarándolo en ese mismo momento Santo Patrón del reino y convirtiendo el lugar en el centro de un culto capaz de aglutinar la cristiandad de Occidente frente a la expansión musulmana. La fundación de la ciudad se data en el año 830. También se construye la primera iglesia de Santiago, un sencillo templo que acogía en su interior el mausoleo de época romana.
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Hernán Cortes llego a las costas de Cozumel en Ferrero de 1519 para así llegar despues a Yucatán y de ahí seguir su trayecto a Veracruz para continuar llegar al territorio Azteca donde es recibido por Moctezuma quien muere a manos de los españoles, le cede en el trono Cuitláhuac quien muere por viruela que fue introducida por los españoles y sube posteriormente Cuauhtémoc quien fue prisionero de los españoles para dar los tesoros, esto fue la caída del imperio de Tenochtitlán por los españoles
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Alonso de Ávalos llego al sur de Jalisco y se quedo con la encomienda mas tarde conocida como provincia de Ávalos
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Nuño de Guzmán consiguió permiso para explorar las tierras occidentales del actual México, aún sin explorar, y montó una expedición con unos 300 españoles, algo más de 6 mil indios auxiliares y cañones, que partió el 21 de diciembre del año 1529.
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La corona española otorgo a Hernan Cortez el titulo de Capitan General de la Nueva España y regreso a Mexico, por lo que Nuño de Guzman decidio abandonar su cargo de Presidente de la Real Audiencia y organizo una expidicion militar hacia el noroeste de Mexico. Esta primera expedicion tenia como objetivo confirmar lor rumores de la existencia de un territorio mas al norte, y de ser asi, fundar poblados
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En 1529 se inicio el juicio de residencia contra Cortés debido a presiones de la audiencia, el motivo: la muerte de su esposa Catalina Xuárez Marcaida, ya que se lo acusaba de haberla asesinado. Para el 8 de mayo de 1529 aparecen los cargos que resultan conra Hernan Cortéz
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En 1530 Nuño Beltrán de Guzmán acompañado por 500 soldados españoles y 15 mil mexicas, entró por La Barca rumbo a Tonallan. En su recorrido derrotó a los caciques de la región, desde Michoacán hasta Zacatecas, fundando un asentamiento que le sirviera como fuerte. Así en 1532 fundó Guadalajara en lo que hoy es Nochistlán, Zacatecas. El asentamiento fue nombrado así en honor a la ciudad española del mismo nombre, misma de la que Nuño de Guzmán era originario.
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Un año después de Nochistlán, Guadalajara fue movida a la zona de Tonalá, donde permanecería durante aproximadamente 2 años.
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En 1535 Guadalajara cambio de domicilio a Tlacotán, lo que hoy es Ixtlahuacán del Río, aquí la ciudad era constantemente atacada por los indígenas. Después de un ataque muy fuerte, en el que murió Pedro de Alvarado, uno de los conquistadores de Tenochtitlán, la Perla Tapatía volvió a cambiar de asentamiento.
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Hernán Cortés deseaba obtener más riquezas del territorio del norte, la “Gran Chichimeca”. Por tal Cortés mandó realizar una expedición comandada por Nuño Beltrán de Guzmán, el cual colonizó y llevó a cabo varias masacres a causa de la belicosidad del pueblo chichimeco. La primera rebelión fue la guerra del Mixtón durante 1541 y 1542 por los malos tratos de los españoles hacia los indígenas, misma que representó el inicio de los cincuenta años de resistencia al yugo español.
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Finalmente, el 14 de febrero de 1542, la ciudad de Guadalajara fue fundada por cuarta y última vez en el Valle de Atemajac, sobre el margen del río San Juan de Dios. Los primeros habitantes de Guadalajara fueron españoles peninsulares e indígenas, se calcula que la población inicial de la ciudad fue de aproximadamente 300 habitantes.
