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En 1521 Alonso de Avalos conquista la una región de la Nueva Galicia dándole como nombre provincia de Avalos
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En 1521 sucedió la caída de Tenochtitlan a mano de los españoles, ya que los aztecas no pudieron contra otras afecciones como la nueva enfermedad que les trajeron los españoles causando muchas muertes, además que se avían echo grandes exterminios de aztecas anteriormente, pero al terminar la guerra los aztecas sobrevivientes fueron esclavos de los españoles.
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Nuño Beltrán comienza sus primeras expediciones al mando, el cual era acompañado por aliados indígenas, jinetes y peones. Nuño Beltrán buscaba la conquista de diversos territorios por avaricia de conseguir mas riquezas y formar su propio reino en donde el seria el gobernador.
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Nuño Beltrán busca la conquista de mas territorios, a finales de 1529 parte a tierra occidentales; ya en 1930 a su paso por Tzintzuntzan, donde tortura y mata al ultimo purépecha Tanganxoan II, creyendo que este ocultaba riquezas. Luego de no lograr su cometido con los purépechas. posteriormente llega a Tototlán y Tonalá, donde los residentes combaten contra el, Pero estos terminan abatidos.
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Guadalajara fue fundada en Nochistlán debido a que Nuño Beltrán tuvo la idea, por que le gusto el clima y las condiciones geográficas, en especial porque pensó que los Caxcanes su principal rival a vencer atentaba contra ellos y se pensó que en la frontera de ambas regiones podrían detener el avance de los Caxcanes.
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Fue fundada en Tepic la ciudad de Santiago de Compostela previo a terminar el año. Fue fundada por el explorador español Cristóbal de Oñate además se nombrara al territorio conquistado como reino de Nueva Galicia, en donde Santiago de Compostela seria la capital de la región.
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Tras las batallas libradas contra los Caxcanes de la región, la villa de Guadalajara fue trasladada nuevamente a otro sitios, pero esta vez hasta Tonalá. Se pensaba que este sitio seria difícil de invadir por su posición geográfica pero un tiempo después seria desplazada la villa a otro lugar.
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La villa de Guadalajara fue trasladada de Tonalá hacia Tlacotán debido a los enfrentamientos con los Caxcanes los cuales han arrasado con las anteriores villas nuevamente. El traslado de Tonalá hacia Tlacotán fue meramente por posición geográfica pensando que vencerían mas fácilmente a los Caxcanes
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en 1536 fue llamado para hacer frente a su juicio de resistencia, en la cual se le embargaron sus bienes y fue enviado a España dos años después. En España paso sus últimos años, durante la ausencia de Beltrán quedo al frente Cristóbal de Oñate de la Nueva Galicia.
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En 1540 inicia una guerra que duro varios años y se desencadeno en el Reino de Nueva Galicia, ya que los indígenas estaban planeando una insurrección en contra del régimen. La rebelión principalmente encabezada por Tequitatl y Xiuhtecuhtli en Juchipila, Pantecatl en Jalapa y Tenomaxtli en Nochistlán.
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Siete años después la villa de Guadalajara fue trasladada al valle de Atemajac por la misma razón que el traslado de las anteriores. El Valle de Atemajac ya que es un lugar mas seguro para poder ser defendido. Este lugar es el definitivo ya que no hubo otra fundación de Guadalajara en otro lugar.