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La fundación de la ciudad se data en el año 830. Cuando el rey asturiano Alfonso II se trasladó desde Oviedo con toda su corte y reconoció la existencia del sepulcro del Apóstol Santiago, declarándolo en ese momento Santo Patrón del reino y convirtiendo el lugar en el centro de un culto capaz de aglutinar la cristiandad de Occidente frente a la expansión musulmana.
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Los españoles llegan a Tenochtitlan en 1519 y el gran emperador Moctezuma recibe con grandes honores a Cortés y lo aloja en el palacio de Axayácatl y posteriormente toman como rehén a Moctezuma. Al morir Moctezuma sube al poder Cuitláhuac, pero muere a causa de viruela, entonces lo sucede el joven Cuauhtémoc.
En 1521 Cuauhtémoc fue capturado, lo que significó la definitiva caída de Tenochtitlan en manos de los españoles. -
Alonso de Ávalos llegó al sur de Jalisco y se quedó con la encomienda mas tarde conocida como Provincia de Ávalos que comprendía Sayula, Usmajac, Tapalpa, Chiquilistlán, Atemajac, Atoyac, Teocuitatlán, Cocula, Zacoalco y la ribera sur del lago de Chapala. Pese a que la primera audiencia fue presidida por Nuño Beltrán de Guzmán, cedió esta encomienda a otras personas, Ávalos la pudo recuperar pronto y disfrutarla por 40 años más.
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En su expedición mas conocida, Nuño de Beltrán (conocido como el muy magnífico señor, según la Real Audiencia) salió de la cuidad de México, en diciembre de 1529, con un gran ejército compuesto de 300 españoles y de 7 a 8 mil indios y con 12 piezas de artillería en busca del legendario reino de las amazonas que la tradición situaba hacia el noroeste, más allá de la Sinaloa actual.
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Nuño de Beltrán decidió abandonar a su cargo de Presidente de la Real Audiencia y consiguió permiso para explorar las tierras occidentales del actual México, organizó una expedición militar en busca de riquezas hacia el noroeste de México, compuesta por 300 españoles, poco más de 6, 000 nativos auxiliares y cañones, expedición que resultó de gran prejuicio para los nativos de los actuales estados de Nayarit, Jalisco.
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Fundada por Juan Cristóbal de Oñate, quién había sido comisionado por Nuño de Guzmán. Este deseaba contar con una ciudad que le sirviera para asegurar sus conquistas y a la vez poderlas defender de la belicosidad de los naturales. La fundaron 42 vecinos, pero el 19 de Mayo de 1533, con la anuencia de Guzmán, Cristóbal de Oñate, Miguel de Ibarra y Sancho Ortiz, proyectaron mudar la villa a un lugar donde hubiera más agua.
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Después de la deliberación con los vecinos y ante la negativa de Cristóbal de Oñate de establecerse en Tlacotán, deciden fundar la villa en Tonalá donde permanecieron durante dos años. Nuño de Guzmán recibió el título de Marqués del Valle de Tonalá, y los habitantes de la villa interferían en sus planes, por lo que a fines de 1534 los echó del ligar.
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Desafortunadamente en ésta colonización los españoles llevaban una mala vida debido a la carencia de alimentos en el área y la total falta de actividades económicas, excepto del otro lado del barranco de donde se encontraban los colonizadores. Sin embargo los españoles se negaban a adentrarse a esos terrenos por temor a la fiera población que ahí existía llamados Caxcanes, ellos eran comandados por Tenamaxtli.
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Durante el gobierno del primer Virrey de Nueva España Antonio de Mendoza se inició el proceso contra Nuño Beltrán. La corona española resolvió enjuiciarlo y envió al licenciado Diego Pérez de la Torre para investigarlo, quien lo encontró gravemente culpable, le quitó el gobierno de la provincia y lo remitió preso con grilletes a España. entre los cargos que lo acusaban se encuentra el cobro de tributos en Huejotzingo.
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Se trató de una rebelión indígena que unió principalmente a caxcanes, zacatecos y tecuexes en contra de la invasión y opresión española, en la provincia de Nueva Galicia.
Se originó por los abusos cometidos por la expedición del conquistador Nuño de Guzmán, las congregaciones en las que eran reunidos los indios y la explotación a la que eran sometidos mediante el sistema de la encomienda. -
Después de un ataque muy fuerte, en el que murió Pedro de Alvarado, uno de los conquistadores de Tenochtitlan, la villa volvió a cambiar de asentamiento.
finalmente, 63 peninsulares (13 andaluces, 16 castellanos, 6 extremeños, 9 montañeses, 8 portugueses y 11 vascos) jefes de familia fundaron la cuarta y definitiva cuidad de Guadalajara cerca del río San Juan de Dios, parte trasera del Teatro Degollado.