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Desde los primeros años de la vida colonial sintió la necesidad de contar con una universidad en la ciudad de Santiago de Guatemala para eso el capitán pedro cree esto de Suárez y el obispo francisco marroquín hicieron las gestiones necesarias ante el rey de España para que se creara una universidad en la capital de Guatemala
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fue hasta el 31 de enero de cuando el rey Carlos de España promulga la real cédula de fundación de la universidad.
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Abrió sus puertas albergando a 60 estudiantes sus instalaciones estaban divididas en tres de los colegios de mayor prestigio de aquella ciudad, la universidad inició sus actividades impartiendo siete cátedras teología escolástica, teología moral, cánones, leyes, medicina y dos de lenguas otorgando los grados de bachiller licenciado maestro, esto para cubrir las necesidades que en esa época tenía el país.
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El 20 de octubre de 1681 se inauguran los estudios de medicina en la universidad de San Carlos de Guatemala, empezando 5 años después de su fundación.
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en 1688, el doctor Miguel Fernández de origen español inicia la primera catedra prima como el primer catedrático propietario de ella.
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El 20 de agosto de 1703 se graduó el primer bachiller de medicina en la universidad de san Carlos de Guatemala, Vicente Ferrer Gonzales; quien obtuvo su doctorado 14 años después de ello.
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La ciudad de Santiago de los caballeros hoy antigua Guatemala fue sacudida el 29 de junio de 1773 por un fuerte terremoto que la destruyó casi por completo.
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En el año de 1777 la universidad de san Carlos la real y pontificia se traslada al valle de la ermita y siguiendo con los proyectos de marcos Ibáñez ésta entonces es colocada o asignada al terreno ubicado lo que hoy conoceríamos modernamente como ``de la novena a la décima calle y de la novena a la décima avenida``.
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En el año de 1779 se ordenó la construcción del edificio, la cual termino en el año 1851, su constructor fue Francisco Castillo, ese edificio hoy corresponde al musac, aquí estuvo la escuela de medicina la cual el 7 de noviembre de 1840 por decreto constitucional se constituye como facultad de ciencias médicas.
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En la independencia de 1821 la universidad de San Carlos fue participante e impulsante por medio de sus estudiantes y egresados, siendo el principal representante José Cecilios Del Valle, a quien se le atribuye la redacción de dicha acta.
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durante el gobierno del doctor mariano Gálvez fue eliminada la universidad, estableciéndose como una academia de estudios.
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En 1838 al derrocar al doctor mariano Gálvez se le es devuelto el nombre de universidad a la universidad de San Carlos de Guatemala.
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En el gobierno del conservador de Rafael Carrera en 1844 la universidad de San Carlos pasó a llamarse pontificia universidad de San Carlos de borroneó.
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En 1898 se unen las facultades de derecho y ciencias de la salud para organizar un desfile bufo conocido como “huelga de dolores”
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Durante el gobierno de Manuel Estrada Cabrera en 1898 la universidad bajo amenazas de este régimen cambio su nombre a “Universidad Estrada Cabrera”
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La facultad de medicina luego de los terremotos sufridos en el año 1917 se traslada al convento de santa cataríana de mártir desde 1917 a inicios de 1921
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En 1921 nace el emblema de los huélguelos “la chabela” pintada por el estudiante Hernán Martínez.
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En 1922 se escucha por primera vez el himno de guerra de los universitarios sancarlistas nombrado como “la chalana”, compuesta por quien se trataba de Miguel Ángel Asturias, José Luis Balcárcel, Alfredo Valle Calvo y David Vela. Pero lo que dio vida a aquellas rimas y las convertiría en el emblemático himno universitario La Chalana fue el talento del músico José Castañeda Medinilla.
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En 1922 sale de la universidad la primera carrosa del desfile de dolores elaborada por estudiantes de medicina y es fundada la santa Chabela por el estudiante Hernán Martínez Obral.
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En 1927 bajo la dictadura del presidente Lázaro Chacón la universidad retoma su nombre “Universidad San Carlos de Guatemala” después de 20 años
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En 1931 Durante el gobierno del general Jorge Ubico La universidad y todas sus actividades quedan prohibidas, dando principio a una represión que dura casi 14 años.
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En 1945 gracias al gobierno del doctor juan jose arevalo se entrega la autonomía a la universidad de San Carlos de Guatemala.
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1970 fue por primera vez violada la autonomía por medio de invasiones militares.
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En el año 1972 se retoma la huelga de dolores.
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1974 Con el general Eugenio Shelnaube Rut comienza un periodo de represión a la comunidad universitaria
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•De 1975 a 2001 la facultad de medicina se traslada a la ciudad universitaria ubicada en la zona 12 de la capital
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1977 Es asesinado el Lic. Mario López quien apoyo al sindicalismo en el país, como homenaje a este personaje universitario se plasmó su rostro en el mural de la biblioteca de la universidad central denominando a este lugar “Plaza sindical Mario Lopez”
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En octubre de 1978, General Romeo Lucas García llega al poder, tiempo después de su llegada al poder es asesinado el secretario general de la Oliverio Castañeda.
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1978 Octubre Es asesinado el secretario general de AEU Oliverio Castañeda de león.
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En el año 2001 la facultad de medicina se traslada a las instalaciones del centro universitario metropolitano CUM ubicado en la zona 12 de la capital donde permanece hasta la actualidad donde continua su labor de “id y enseñad a todos ”
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Estudiantes de la USAC no están contentos con la gestión del rector Paiz, electo en 2018, el cual se decia que queria privatizar la universidad.
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La universidad de San Carlos de Guatemala y todas sus extenciones son cerradas a causas de una pandemia global causada por el virus covid-19.
