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Clasificó a los seres vivos; a las plantas de acuerdo a sus características físicas : plantas con flores y sin flores, y a los animales con sangre roja y sin sangre roja.
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Hizo una publicación sobre un libro de Historia Plantarum, en el cual describe la anatomía de las plantas y las clasifica de acuerdo a su tamaño en hierbas, arbustos y árboles.
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Estableció las bases de la clasificación de los seres vivos, ordenó a cada organismo en categorías taxonómicas que van de lo general a lo particular: reino, filo ,clase , orden, familia, género, especie y a partir de la nomenclatura binomial le asignó a cada especie un nombre.
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Creó un tercer mundo llamado Protista integrado por organismos unicelulares, es decir aquellos organismos que están constituidos por una sola célula.
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Propuso el reino Monera, donde agrupó a las bacterias, organismos procariontes.
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Propuso un esquema de clasificación con cinco reinos al considerar: el tipo celular (procariontes y eucariontes), el nivel de organización (unicelular o pluricelular), el tipo de nutrición (autótrofa o heterótrofa) y el tipo de reproducción (sexual o asexual).Whittaker creó el reino Fungi.
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Propone otra categoría, la cual es una categoría más general en donde agrupa a los reinos y se genera tres dominios: dominio bacteria, dominio archaea, dominio eucarya.
