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en el siglo XVII y con la construcción del colegio se lleva a cabo la construcción de la capilla de la bordadita
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en la segunda mitad del siglo XVII en el inventario del colegio se entreunta un bordado de oro y seda
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Un ruido extraño, de origen indeterminable, sacude y espanta a los habitantes de Santafé y la ciudad se conmociona. Queda señalado como “el tiempo del ruido”.
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Los jesuitas traen para uso de la comunidad una imprenta en Bogotá
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una señora del Socorro, Manuela Beltrán, arranca uno de los edictos de impuestos y desata la que se conocerá como la Rebelión de los Comuneros. Estos, en número superior a veinte mil hombres, marchan sobre Santafé. Por la gestión del arzobispo Antonio Caballero y Góngora, se detienen en Zipaquirá, donde firman unas capitulaciones. En octubre, José Antonio Galán, apoyado por la alta clase criolla de Santafé, inicia una nueva rebelión, pero, traicionado, cae en poder de los españoles.
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José Antonio Galán y sus compañeros Manuel Monsalva, Isidro Molina y Lorenzo Alcantuz, condenados a muerte por rebelión y son bárbaramente ejecutados en la plaza mayor de Santafé. –Por iniciativa de José Celestino Mutiz, el rey Carlos III imparte su aprobación a la expedición Botánica.
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en 1784 un terremoto destruyo el campanario de la capilla, y otras zonas de la universidad
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un largo tiempo después, en el año 1953 su campanario fue reconstruido debido a el terremoto
