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Hizo la milicia a las órdenes de Antonio Manrique de Lara, duque de Nájera, y participó en la represión de la revuelta de las Comunidades. Es educado como caballero en el palacio del revelador mayor de Castilla, Juan Velázquez de Cuéllar, en Arévalo (Ávila).
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Iñigo luchó contra los franceses en el norte de Castilla, pero su breve carrera militar terminó abruptamente el 20 de mayo de 1521, cuando una bala de cañón le rompió la pierna durante la lucha en defensa del castillo de Pamplona.
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Durante su recuperación, Íñigo pidió libros sobre caballería. No había ninguno en el castillo familiar donde convaleció, por lo que tuvo que conformarse con un libro sobre la vida de Cristo y las biografías de los santos, temas que encontró inesperadamente fascinantes, que le llevaron a consagrarse a la vida espiritual.
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Durante 10 meses, en una cueva de Manresa redacta, Ejercicios Espirituales, divididos en 4 periodos, trata desde la conversión de la persona pecadora; su adaptación al modelo de Cristo; el fortalecimiento a través de de la pasión y muerte de Cristo.
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Estudia latín en la Universidad de Barcelona. Después estudia lógica en Alcalá de Henares. Comienza a impartir ejercicios espirituales, actividad por la cual es considerado sospechoso de alumbramiento, procesado y condenado a no predicar durante 3 años.
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1528 viajó a París, en cuya universidad estudió y se licenció en artes; al año siguiente fundó una fraternidad, con dos hombres que no solo se unirían a él en la formación de la Compañía de Jesús, sino que también serían canonizados como santos: Francisco Javier y Peter Faber.
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Loyola es ordenado sacerdote y obtienen el permiso oral del papa Pablo III, quien dio la confirmación oficial de la orden de los Jesuitas en 1540. En Roma fundó los colegios Romano y Germánico.
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Falleció en su celda de la sede de los Jesuitas en Roma.