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Geofísico y meteorólogo alemán que formuló la teoría de la deriva continental. Hijo de un pastor protestante, se interesó por la astronomía y la meteorología además de la física.
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Estudió desde 1900 hasta 1904 física, meteorología y astronomía en Berlín, Heidelberg e Innsbruck.
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Su tesis doctoral de astronomía la escribió en la Universidad de Berlín en 1905, pero luego se dedicó más a la meteorología y la física.
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En 1906 hizo su primera expedición a Groenlandia, con el objetivo de estudiar la circulación del aire en las zonas polares. En dicha ocasión inició una interesante colaboración con el famoso meteorólogo Wladimir Köppen, con cuya hija se casaría más adelante.
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Realizó nuevas expediciones entre 1912 y 1913, pero abandonó su actividad científica cuando fue reclutado por el ejército alemán en 1914 para combatir en la Primera Guerra Mundial.
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Trabajó intensamente y el 6 de enero de 1912 presentó una conferencia acerca de la deriva en la Unión Geológica de Frankfurt, intitulada "La formación de las grandes estructuras de la corteza terrestre (continentes y océanos) con bases fisiográficas".
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En 1915 expuso los principios de su teoría en la obra El origen de los continentes y los océanos, que amplió y reeditó en 1920, 1922 y 1929.
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Entre 1919 y 1923 Wegener trabajó en su libro Los climas en el pasado geológico, en el que trataba de sistematizar la nueva ciencia de la paleoclimatología en relación con su teoría de la deriva continental, que publicará junto con su padre.
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En 1922 aparece la tercera edición, completamente revisada de su obra sobre el origen de los continentes y los océanos. Durante este tiempo, aumentó también la difusión de su teoría de la deriva, en un principio sólo en lengua alemana y a continuación, a nivel internacional.
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En 1930 participó en una última expedición a Groenlandia, siempre en busca de nuevos indicios; sin embargo, desapareció entre los hielos y su cuerpo no fue encontrado hasta el año siguiente.