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Hijo de Beltrán Yáñez de Oñaz y Loyola y de Marina Sáez de Licona Y balda, era el menor de trece hermanos.
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Beltrán, envía a su hijo, Iñigo, a Arévalo para ser educado en la corte por petición de la señora María de Velasco.
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Luego de luchar con el ejército en Pamplona contra los franceses, resulta gravemente herido por una bala de cañón en ambas piernas.
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Se hospedó en el Monasterio de Montserrat de los benedictinos, de esta experiencia surge el método ascético de los Ejercicios Espirituales.
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Peregrinó a los Santos Lugares de Palestina.
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En Castilla fue procesado por difundir el método de los ejercicios espirituales, por lo que se le prohibió la predicación e interrumpió sus estudios.
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Estudió en Alcalá de Henares, vivió y trabajo en el Hospital de Antezana, al servicio de los enfermos.
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Ingresó a la Universidad de París y trató de despertar el interés de los estudiantes en sus Ejercicios Espirituales, luego ya contaba con seis seguidores claves.
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Ignacio, Francisco, Pedro, Alfonso, Diego, Nicolás y Simao, juraron en Montmartre "servir a nuestro Señor, dejando todas las cosas del mundo", luego fundaron la Sociedad de Jesús.
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Debido a la guerra contra los turcos, no pudieron marchar a hacer vida religiosa en Palestina, por lo que se ofrecieron al papa, quien les ordenó sacerdotes.
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El Papa aprobó la constitución de la nueva orden religiosa.
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Ignaciano fue elegido como superior general de su orden religiosa.
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Finalmente sus "Ejercicios Espirituales" fueron impresos.
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Ignacio de Loyola quiso que se le sustituyeran del frente de la fundación Compañía de Jesús, sin embargo, esta solicitud fue rechazada.
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Fueron adoptadas las Constituciones Jesuitas, escritas por Ignacio con ayuda de su secretario Juan Alfonso de Polanco.
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Muere como consecuencia de una larga enfermedad ligada a la vesícula.