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Manco Inca optó por retirarse hacia victos, pero fue perseguido por Rodrigo Ordoñez con 300 conquistadores y miles de aliados indígenas
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Las tropas incaicas rodearon la ciudad del Cusco y tomaron sacsayhuamán. Los conquistadores recibieron el apoyo de los cañaris, chachapoyas y huancas. Estas fuerzas tomaron por asalto Sacsayhuamán. Murió Juan Pizarro y Cahuide
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Manco Inca envió a Quiso Yupanqui atacar Lima. Inés Huaylas,esposa de Francisco Pizarro, solicitó ayuda a su madre, quién envió refuerzos. Los huancas y cañaris, lograron matar a Quiso Yupanqui
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Los conquistadores lanzaron un ataque contra Ollaytambo, las tropas inaicas inundaron el valle de Yucay y lograr el triunfo
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El hijo de Manco Inca y de la coya Cura Ocllo. Llegó a un acuerdo con el virrey Andrés Hurtado de Mendoza, salir de Vilcabamba, convertirse al cristianismo y aceptar la autoridad del monarca
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Tras la muerte de Manco Inca, tres de sus hijos Sayri Túpac Amaru I
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Reinició la resistencia en Vilcabamba. En 1566 llegó a un acuerdo por el cual aceptaba el bautizo, se le reconocía como inca. Escribió "Relación de la Conquista del Perú" al rey Felipe II. A su muerte, se acusó a los españoles de haberlo envenenado y los indígenas asesinaron a los misioneros agustinos
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surgió Huamanga (Ayacucho) un movimiento indígena Taki Unquy (enfermedad del baile). Sus líderes, considerados como mensajeros de las huacas predicaban el rechazo a lo hispano y la restauración de la cultura prehispánica, el culto a las huacas. Para combatir se organizó, desde el Cusco, una campaña de extirpación, Cristóbal de Albornoz
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Se ciño la "mascapaicha" . El virrey Francisco de Toledo envió un contingente logró tomar Vilcabamba y apresar al inca. Túpac Amaru fue juzgado y ejecutado en la Plaza Mayor de Cusco.
