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Al fundarse en 1586, el Colegio de Santo Tomás de Aquino a cargo de la Compañía de Jesús, inició en Guadalajara la impartición de la enseñanza media y superior y se otorgaron los primeros grados académicos.
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El 12 de julio de 1696, el obispo fray Felipe Galindo y Chávez en el documento Benedictionem dabit Legislator, comunicó a sus diocesanos que había pedido al rey Carlos II, que elevara al rango de universidad al recientemente fundado Real Seminario Conciliar de San José. Y así se inició casi un siglo de gestiones, para obtener la fundación de la Universidad de Guadalajara
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INICIATIVA DE FRAY
FELIPE DE GALINDO Y CHAVEZ, OBISPO DE LA
DIOCESIS -
Transcurrió casi medio siglo, para que la idea original de fray Felipe fuera retomada por el abogado Matías Ángel de la Mota Padilla, quien en 1750 logró involucrar en el proyecto al Ayuntamiento de Guadalajara, corporación que continuó las gestiones hasta el final.
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CARLOS III ORDENA CEDULA REAL DEL 11 DE AGOSTO DE 1762 EN DONDE PREVIENE AL NUEVO OBISPO DON DIEGO RODRIGUEZ RIVAS DE VELASCO PARA QUE INFORME DE LA UTILIDAD Y POSIBILIDAD DE FUNDAR LA INSTITUCION UNIVERSITARIA. LOS INFORMES AL PARECER, NUNCA SE FORMULARON.
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Al ser expulsados los jesuitas de todos los territorios hispanos en 1767, se clausuraron los Colegios de Santo Tomás y de San Juan. Entre los clérigos expulsados iba el célebre humanista Francisco Javier Clavigero, quien venía realizando una profunda modernización de los estudios filosóficos, haciéndose entonces más imperativa la fundación de una universidad
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El 12 de diciembre de 1771, entró en Guadalajara su vigésimo segundo obispo, fray Antonio Alcalde y Barriga, quien vendría a impulsar definitivamente la fundación de la Universidad.
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tras vencerse las últimas dificultades en la Corte, el 18 de noviembre de 1791, en el monasterio de San Lorenzo del Escorial, el rey Carlos IV otorgó la Cédula Real de Fundación de la Universidad, la cual en su parte medular dice: “El Rey […] he resuelto que se erija y establezca Universidad en esa Ciudad y que se le aplique solamente el edificio del Colegio de Santo Tomás, que fue de los regulares expulsos y los capitales de sus obras pías […]”
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el 3 de noviembre de 1792 se inaugura la Real Universidad de Guadalajara, que cronológicamente se convierte en la segunda de la Nueva España
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el 26 de marzo de 1792 se recibió con gran júbilo en Guadalajara, la Cédula Real de la Fundación de la Universidad. De común acuerdo el obispo Alcalde y el presidente de la Real Audiencia Jacobo de Ugarte y Loyola, nombraron al canónigo penitenciario de la catedral, doctor José María Gómez y Villaseñor, como primer rector de la novel Universidad.
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En medio de la conmoción de la incipiente comunidad universitaria y de todo el Obispado, el 7 de agosto de 1792, falleció su gran benefactor fray Antonio Alcalde.
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Entre 1826 y 1860, y como consecuencia de las constantes pugnas entre gobiernos conservadores y liberales, la Universidad sufre cierres y reaperturas, alternando su nombre entre Instituto de Ciencias del Estado de Jalisco y Universidad de Guadalajara, según el grupo en el poder.
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En 1914, el gobernador de Jalisco Manuel M. Diéguez funda la Escuela Preparatoria de Jalisco como una institución precursora
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1925 se reconoce la fundación de la Universidad de Guadalajara y se expide su primera Ley Orgánica;
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Una década después, 12 octubre de 1925, el gobernador José Guadalupe Zuno instaura nuevamente la Universidad de Guadalajara, luego de 65 años de prolongada ausencia.
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Durante los años ochentas, la Universidad de Guadalajara se declara como una institución educativa nacionalista, democrática y popular.
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En el año 1989, durante el rectorado del licenciado Raúl Padilla López, se inicia el proceso de reforma universitaria que actualiza el modelo académico y culmina con la reestructuración de las escuelas y facultades en campus temáticos y regionales llamados centros universitarios
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En el año 2005 se crea el Sistema de Universidad Virtual, que ofrece los servicios educativos desde el ambiente virtual a todas las regiones del país y el mundo.