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La capital del Imperio Azteca, fue llevado a cabo mediante la negociación entre los clanes locales y las divisiones anti-mexicas existentes y el conquistador español Hernán Cortés
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Los señoríos de la región, esperando sacudirse el yugo colimote, lo recibieron en paz; una Real Cédula que dice que Don Alonso de Avalos fundó la ciudad de Sayula como capital de la Provincia de Avalos
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En 1529 se inició el juicio de residencia contra Cortés debido a presiones de la audiencia, el motivo: la muerte de su esposa Catalina Xuárez Marcaida, ya que se lo acusaba de haberla asesinado.
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Nuño de Guzmán consiguió permiso para explorar las tierras occidentales del actual México, aún sin explorar, y montó una expedición con unos 300 españoles, algo más de 6 mil indios auxiliares y cañones,
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En julio del año 1530 la expedición llegó a la región de Aztlán.
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En recuerdo de la ciudad de Santiago de Compostela de España y en cumplimiento de una real cédula dada en Ocaña, por la reina de España doña Juana de Castilla, en enero de 1532 Nuño de Guzmán funda en Tepic la nueva ciudad de Santiago de Compostela como la capital de la Nueva Galicia.
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Así en 1532 fundó Guadalajara en lo que hoy es Nochistlán, Zacatecas
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En el año 1533, Guadalajara agarro sus maletas y se fue a Tonala
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En 1535 Guadalajara cambio de domicilio a Tlacotán, lo que hoy es Ixtlahuacán del Río
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La Guerra del Miztón o Mixtón fue una serie de enfrentamientos bélicos entre varias tribus indígenas, fue de 1540 a 1542
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Después de pacificar la zona tras la muerte de Pedro de Alvarado, Cristóbal de Oñate, gobernador de Nueva Galicia, convocó a sesión de Cabildo para emigrar al sur de la barranca. Ninguno llegaba a algún acuerdo ya que pensaban que a Nuño de Guzmán no le parecería un cambio más a la ciudad. Fue hasta 1542 que se estableció de forma definitiva en el Valle de Atemajac
