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Los orígenes del imperio se remontan a la victoria de las etnias cuzqueñas (Región Sur del actual Perú), lideradas por Pachacútec, frente a la confederación de estados chancas en 1438.
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Túpac Yupanqui fue el décimo Inca o soberano del Imperio incaico.Asumió el correinado probablemente entre los 15 y 30 años de edad (entre 1456 y 1461). Luego, tras la muerte de su padre, se hizo absoluto cargo del poder.
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Con un inicio tan agitado empezó el gobierno del nuevo Inca, que básicamente tuvo que dedicar todos sus esfuerzos a consolidar los terrenos conquistados por su padre y sofocar las revueltas de provincias levantiscas. Para esto, asumió el control político y religioso del Imperio, desplazando a Apo Chalco Yupanqui, el vigente Villac Umo. Por primera vez en la época imperial se concentraban todos los poderes en una sola persona.
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Se considera que se inició el 16 de noviembre de 1532 cuando un ejército incaico se reunió en Cajamarca con los conquistadores españoles encabezados por Francisco Pizarro, a poco de haber finalizado la guerra civil entre los dos herederos al trono incaico, Huáscar y Atahualpa (hijos del inca Huayna Cápac).
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Es posible que Huayna Cápac pensara que ambos hermanos gobernarían el imperio juntos, en armonía. Pero no fue así. Huáscar vio el mando de Atahualpa sobre el ejército inca como una amenaza directa a su posición como Sapa Inca, y decidió atacar primero para tratar de conquistar Quito.Sin embargo, Atahualpa logró escapar y regresó a Quito para reagrupar a sus tropas. Aunque Huáscar trató de conquistar la capital norteña, fue derrotado y forzado a replegarse de nuevo hacia el sur.
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En dicho encuentro, Atahualpa, que aún celebraba su triunfo sobre Huáscar, fue tomado preso por los españoles y meses después ejecutado, el 26 de julio de 1533. Posteriormente los españoles, aliados con los cañaris, chachapoyas y otras etnias hasta entonces vasallas de los incas, marcharon a Cuzco, la capital del imperio, donde ingresaron el 14 de noviembre de 1533 y proclamaron como nuevo inca a Manco Inca, con la intención de convertirlo en un rey títere.