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En Cuenca, no hay noticias sobre su infancia.
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En Escalona (Toledo), en el séquito,como paje, del marqués de Villena, Diego López Pacheco.
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Arrestan a Ruiz Alcaraz, debido a eso Juan dejó el servicio del marqués, y no hay documentación segura sobre los dos años siguientes.
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Comenzó en la Universidad de Alcalá, estudió artes liberales, perfeccionando asimismo sus conocimientos de hebreo y griego.
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Estudia humanidades en Alcalá y, al igual que su hermano, recibió la influencia de Erasmo, con quien inició correspondencia
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Publicó en Alcalá "Diálogo de Doctrina Cristiana", un libro tan perseguido por la Inquisición que se pensaba que no existía ningún ejemplar en el mundo y que todos habían sido quemados.
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Abandona la Cisneriana para no volver jamás
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Se trasladó a Italia. En ese país ocupó cargos en la corte papal
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Se estableció en Nápoles, donde fue agente político del emperador Carlos V y dirigió a un grupo de intelectuales, uno de los integrantes de este grupo era Julia Gonzaga, discípula predilecta de Valdés e inspiradora de muchos de sus escritos religiosos.
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"Diálogo de la lengua", ahí defiende el uso del castellano y expresa sus opiniones sobre el origen, el vocabulario y la sintaxis de esta lengua.
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Alfabeto cristiano. para el que contó con la colaboración de Gonzaga y cuya versión en castellano se ha perdido.
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"Las ciento diez consideraciones divinas", resultado de sus encuentros con sus discípulos, y el Comentario de la epístola de San Pablo a los romanos.
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Sus amigos, Pedro Pablo Vergueiro, Pedro Martín Vernigli o Bernardo Ochino acogieron las enseñanzas de la reforma de el protestantismo tras fallecer Juan de Valdés.
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En Nápoles