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Para presionar su participación en el gobierno, los criollos santafereños organizaron y planearon el evento del 20 de Julio, el cual concluyó en la declaración de la independencia de España.
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En este periodo las diferentes provincias se enfrentaron entre si, en lugar de unirse para combatir al enemigo comun, que pronto habria de someterlas.
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En 1811 la provincia de Bogotá, centralista, se había declarado Estado independiente, mientras las demás provincias se habían reunido en una federación llamada Provincias Unidas de Nueva Granada. Prontamente la forma de gobierno de la Nueva Granada se había vuelto una fuerte disputa y, finalmente hubo guerra, esto no impidió que Cundinamarca organizara una expedición contra Popayán y Pasto, ambas ciudades realistas. La expedición fracasó y su presidente, Antonio Nariño, fue capturado.
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Manifiesto en el cual hizo un análisis político y militar de las causas que provocaron la caída de la Primera República de Venezuela y exhortaba a la Nueva Granada a no cometer los mismos errores que Venezuela para no correr la misma suerte.
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España vuelve a reconquistar américa y Colombia
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En este período, la Corona española despliega su fuerza para recuperar el control y mantener el poder en las colonias. Envía una misión militar a la Nueva Granada, dirigida por Pablo Morillo, cuya misión era pacificar y exigir la sumisión de las colonias del Rey.
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El plan de la campaña libertadora , armado por Bolivar y Santander, era partir de Tame (Arauca), cruzar los llanos orientale, subir la cordillera Oriental hasta el páramo de Pisba, dirigirse a Tunja y por último orientarse a Santa Fé de Bogotá.
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En el Pantano de Vargas se libró una gran batalla. Las condiciones del terreno aumentaron las dificultades del combate.
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Una vez tomada la capital se consagró la idea de independencia plena.