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Nace en la casa solariega de Loyola (en la parroquia de Azpeitia, Guipúzcoa) donde vivía su familia, perteneciente a la nobleza del señorío de Vizcaya.
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Es educado como caballero en el palacio del revelador mayor de Castilla, Juan Velázquez de Cuéllar, en Arévalo (Ávila).
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Como soldado del virrey de Navarra, Antonio Manrique, duque de Nájera, interviene en el combate contra las tropas francesas que pretendían invadir Navarra. Es herido en ambas piernas mientras resguarda el castillo de Pamplona. A lo largo de su convalecencia en Loyola, toma la decisión de consagrar su vida a Dios.
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Retirado a una vida de oración, meditación y penitencia, redacta, en una cueva de Manresa, Ejercicios espirituales. Junto al río Cardoner concibe la idea de hacer un instituto religioso. Peregrina a Jerusalén.
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Estudia latín en la Universidad de Barcelona.
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Estudia lógica en Alcalá de Henares. Comienza a impartir ejercicios espirituales, actividad por la cual es considerado sospechoso de alumbramiento, procesado y condenado a no predicar durante tres años.
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Es organizado sacerdote en Venecia, ciudad a la que había marchado dos años antes para terminar sus estudios de teología (que había comenzado en París en 1533). Marcha a Roma, ciudad en la que vivirá hasta su fallecimiento.
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Es elegido superior general de la Compañía de Jesús.
Redacta las Constituciones de la Compañía de Jesús. -
Se publican sus Ejercicios espirituales.
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Funda el Colegio Romano.
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Funda el Colegio Germánico.
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Fallece el día 31 de julio.
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Es beatificado por el papa Pablo V.
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Es canonizado por el papa Gregorio XV.