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La región que hoy es la Patagonia comienza a formarse, con actividad tectónica que eleva el terreno y da origen a una meseta.
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Se producen movimientos tectónicos importantes en la región de los Andes, lo que contribuye a la elevación y formación de mesetas en el área. La actividad volcánica deja depósitos de lava y ceniza, formando capas de roca volcánica sobre las rocas sedimentarias.
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El área experimenta una erosión gradual debido a los cambios climáticos y al paso de ríos. Los sedimentos y cenizas volcánicas comienzan a desgastarse, y el Río Pinturas empieza a tallar el cañadón.
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El Río Pinturas intensifica su acción erosiva, profundizando el cañadón y formando cuevas y abrigos naturales en sus paredes, incluyendo la Cueva de las Manos.
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La erosión continúa, pero a un ritmo más lento. La cueva y el cañadón adoptan su forma actual, creando el escenario donde se asientan los pueblos originarios.
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El Cañadón del Río Pinturas y la Cueva de las Manos son parte de un relieve de meseta y cañones, preservado como sitio arqueológico y natural.