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Querétaro al igual que otros lugares se vio afectado con la caída de México-Tenochtitlán por lo que surgen migraciones, la más importante fue la encabezada por Conín, proveniente de Xilotepec. Este indígena, desde principios del siglo XVI comerciaba entre las tierras chichimecas y el Imperio Azteca, cambiado sal y mantas de Tenochtitlán por flechas y pieles que se vendían muy bien en el imperio.
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La cañada donde hoy está Villa del Marqués (junto a la ciudad) Conín empezó a sembrar y a cultivar, y una parte de sus cosechas las ofreció como regalo a sus vecinos chichimecas; con este hecho, Conín se ganó la confianza de éstos, que más tarde algunos emigraron a Andamaxei, convirtiéndolo en lo que sería un "Pueblo de indios". -
Al haber sido convencido por el encomendero Hernán Pérez de Bocanegra de convertirse al catolicismo. Fue bautizado por Juan Sánchez de Alanís, recibiendo el nombre español de Fernando de Tapia. Más tarde Bocanegra salió rumbo a Michoacán, a traer a un fraile franciscano para que evangelizara estas tierras. -
En la madrugada del martes 25 de julio de 1531 inicia la Batalla de la Loma del Sangremal.
Hay desacuerdo en dos versiones en cuanto a lo sucedido: La versión guerra pacifica: a patadas, pellizcos y caderazos y la versión mítica: Ocurrió un eclipse total de sol y apareció el apóstol Santiago y los chichimecas se rindieron. -
Un mes después de haber conquistado Itzacchichimecapan y haber fundado ahí San Juan Bautista (hoy San Juan del Río) el 24 de julio, Fernando envió un mensaje a los otomíes y chichimecas de Querétaro anunciando que iba a llegar con la nueva doctrina. Los indios regresan el mensaje diciendo que si quiere conquistarlos querían una muestra de su valentía proponiendo una batalla sin armas. La propuesta fue aceptada.