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Describió que las enfermedades contagiosas eran transmitidas a través del contacto directo por fomites.
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Fabricó lentes de vidrio con los que pudo observar diversos microorganismos a los que llamó "animalículos"
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Desarrolla el microscopio compuesto. Acuñó el termino de "célula"
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Considerado el "padre de la inmunología". Establece el término de "vacuna" para los procedimientos de inmunización activa, a partir de su estudio de la inmunidad a la viruela de ordeñadores que se habían contagiado con vacas.
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Introdujo la técnica bacteriológica de la esterilización.
El 1877 utilizó con éxito cultivos atenuados en el cólera y la rabia. -
Desarrolló el método de ebullición fraccionada, llamada tyndalización para eliminar bacterias con esporas.
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Trabajó en el aislamiento de agentes infecciosos a partir de cultivos, que le ayudaron a formular sus postulados para comprobar la Teoría microbiana de la enfermedad.
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Introduce el termino de "virus", descubrimiento que se considera que es el inicio de la virología.
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Administró la primera vacuna antirrábica.
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Obtiene el salvarsán, una preparación de arsénico orgánico, un tratamiento para la sífilis y la enfermedad del sueño africana.
También considerado "padre de la quimioterapia". -
Observó la contaminación de su cultivo de staphyloccoccus, con un hongo (penicillium notatum) por la inhibición del crecimiento de la bacteria a su alrededor; y llamó penicilina a la sustancia. Aunque no fue para utilización en el humano.