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Clasificó las especies animales en su Historia de los animales
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Escribió una obra paralela, la Historia Plantarum , sobre plantas.
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"Padre de la microscopía", envió a la Royal Society de Londres una copia de sus primeras observaciones de organismos microscópicos unicelulares. A pesar de esto, Linneo no incluyó criaturas microscópicas en su taxonomía original.
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Sentó las bases de la nomenclatura biológica moderna , ahora regulada por los Códigos de Nomenclatura , en 1735. Distinguió dos reinos de seres vivos: Reino animal y Reino vegetal', para las plantas, también incluyó minerales en su sistema de clasificación, colocándolos en un tercer reino, Regnum Lapideum .
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Propuso un tercer reino de la vida, el Protista , para "organismos neutrales" que no eran ni animales ni plantas, revisó el contenido de este reino varias veces antes de decidirse por una división basada en si los organismos eran unicelulares o multicelulares
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Propuso una clasificación de cuatro reinos, elevando las clases protistas de bacterias (Monera) y algas azul-verdes (Phycochromacea) a phyla en la novela Kingdom Monera.
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Primero en caracterizar la distinción entre los eucariotas y procariotas en sistemas de organización celular
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Popularizaron la anterior propuesta de Édouard Chatton para reconocer esta división en una clasificación formal. Esto requirió la creación, por primera vez, de un rango por encima del reino llamado dominio .
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reconoció un reino adicional para los Hongos . El sistema de cinco reinos resultante, se basa en diferencias de nutrición ;Plantae mayoría autótrofos multicelulares , heterótrofos multicelulares Animalia, y sus hongos multicelulares saprófitos . Los dos reinos restantes, Protista y Monera, incluían colonias celulares unicelulares y simples
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Introdujo una clasificación modificada por la cual todas las formas de vida, incluyendo las recién descubiertas, podrían integrarse en los cinco reinos clásicos. (animales, plantas, bacterias (procariotas), hongos y protoctistas).