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La Armada Nacional nació con la Independencia de Colombia mediante un decreto de la Junta Suprema de Cartagena, llamada en sus inicios la Comandancia General de Marina. Gracias a Don José María García de Toledo
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El general Francisco de Paula Santander creó la Escuela Náutica, la cual desapareció tiempo después junto con sus buques de guerra y sus marinos.
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El almirante Padilla "Héroe Naval Colombiano" libró la Batalla Naval del Lago de Maracaibo, enfrentamiento que consolidó la independencia de Colombia en los mares.
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El general Rafael Reyes Prieto creó la Escuela Naval a través del decreto 783 del 6 de julio, la cual fue clausurada por el General Ramón González Valencia el 28 de diciembre de 1909, Funciono abordo del transporte Marroquí
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El conflicto se llevó a cabo en la cuenca del río Putumayo y la ciudad de Leticia, ubicada en la entonces Comisaría colombiana del Amazonas. La guerra terminó con la ratificación del Tratado Salomón-Lozano.
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Después de la Guerra con Perú, Colombia hizo reaparecer la Marina. Se adquirieron buques y se fundó la Escuela de Grumetes en 1934, su primera aula de clase fue el MC "Boyaca".
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Se fundó en 1935 durante la presidencia de Alfonso López Pumarejo y bajo la dirección del oficial inglés de grado Capitán de Navío Ralph Douglas Binney.
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Colombia declaró la guerra en 1943, porque un submarino alemán hundió uno de sus barcos, el goleta Resolute. A raíz de esto el gobierno colombiano decidió hacer patrullajes para evitar más hundimientos. El 29 de marzo de 1944 el ARC Cabimas transportaba gasóleo en la ruta Cartagena-Panamá escoltado por el ARC Caldas que detectó la presencia del submarino alemán U-154 hundiéndolo en el acto.
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En 1951 se abre la formación de oficiales mercantes
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La Escuela Naval es reconocida como universidad mediante la resolución 11893 de 1977
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Ya en la actualidad, la Escuela Naval de Cadetes Almirante Padilla es reconocida como unas de las mejores universidades militares de América Latina, ademas tiene carreras de Maestría en Oceanografía.
