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La región siguió floreciendo. Industrias como las del añil, el cacao y la caña de azúcar, florecieron durante todo el período colonial de Guatemala, creando grandes riquezas y permitiendo el desarrollo de otras industrias como la de los tejidos, cuyo auge duró hasta finales del Siglo XVIII.
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Fue en 1523 que los conquistadores españoles ingresaron por su parte occidental, provenientes desde la Nueva España. Todos ellos liderados por el Cápitan y lugarteniente Don Pedro de Alvarado.
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Los estados de las tierras altas centrales, sin embargo, prosperaban todavía hasta la llegada del conquistador español Don Pedro de Alvarado entre 1523-1527.
Los pobladores nativos de las tierras altas de Guatemala, como los cakchiqueles, mam, quiché y tzutujiles, aún forman una parte significativa de la población guatemalteca. -
Alvarado. Enfrentándose primero con los k'iches y aliándose después con los cakchiqueles, logró fundar su primera Villa el 25 de julio de 1524 en las cercanías de Iximché, capital de los cakchiqueles, dándole por nombre Ciudad de Santiago en honor a el conocido Apóstol Mayor.
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El 22 de noviembre de 1527 se trasladó la ciudad y ésta fue destruida en la madrugada del 11 de Septiembre de 1541 por un alud de lodo y piedras provino de la cima del Volcán de Agua (Volcán Hunahpú, como lo conocían los indígenas) sepultando a la entonces capital de la región;
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El 10 de marzo de 1543 el Ayuntamiento celebró allí su primera sesión. La ciudad, ya en su tercer asiento oficial, conservó el mismo escudo de armas otorgado en Medina de Campo por real cédula del 28 de Julio de 1532. También el 10 de Marzo de 1566 el Rey Felipe II la condecoró con la merced del título de Muy Noble y Muy Leal Ciudad. Fue la tercera ciudad en
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Tras un breve período de incertidumbre política, el 5 de enero de 1822, las provincias centroamericanas fueron anexiodas al Imperio Mexicano, una idea de Agustín de Iturbide para contrarestar la expansión estadounidense. El Imperio Mexicano fue un intento de monarquía que desembocase en una unión de lo que fueron habitantes del Virreinato de Nueva España bajo una bandera única, católica y poderosa
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Queriendo abrir otras opciones comerciales y por intereses económicos y políticos, la élite criolla guatemalteca declaró su independencia de la Corona Española el 15 de septiembre de 1821. La nueva república guatemalteca incluía las regiones del Soconusco, y lo que ahora son los países de El Salvador, Honduras, Nicaragua, y Costa Rica. Sus 1,5 millones de habitantes estaban concentrados en sus centros urbanos.
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; Guatemala y sus provincias se separaron de él (exceptuando Chiapas, que decidió voluntariamente permanecer junto a México) declarando de nuevo su independencia y pasando a formar las Provincias Unidas de Centroamérica en julio de 1823.
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Rafael Carrera y Turcios (tras ser uno de los principales artífices de la ruptura de la unión democrática de Provincias Unidas de Centroamérica) gobernaría como dictador Guatemala desde 1851 hasta 1865, apoyado por conservadores, grandes terratenientes, y el clero.
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En 1944, los Revolucionarios de octubre, un grupo de oficiales militares disidentes, estudiantes, y profesionales liberales, derrocaron al gobierno de Federico Ponce Vaides, quien había sucedido en el mando al General don Jorge Ubico, luego de que éste a su vez había dejado el poder en el contexto de las luchas sociales en pro de la autonomía de la Universidad estatal.
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La Civilización Maya floreció en la mayor parte de lo que hoy es Guatemala y sus regiones circundantes, durante aproximadamente 2.000 años, antes de la llegada de los españoles.
