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Originalmente planeada por Toshio Okada, Yasuhiro Takeda, Hideaki Anno, Yoshiyuki Sadamoto, Takami Akai y Shinji Higuchi bajo el nombre de Daicon Film.
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Su primer proyecto fue la producción de un corto animado de 5 minutos para la XX Convención Anual Nacional Japonesa de Ciencia Ficción, también conocido como Daicon III.
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Gainax caló mucho más hondo en la XXII Convención Anual Nacional Japonesa de Ciencia Ficción, Daicon IV.
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Fundación de Gainax por Hideaki Anno, Yoshiyuki Sadamoto, Hiroyuki Yamaga, Takami Akai, Toshio Okada y Yasuhiro Takeda en la ciudad de Daicon (ahora parte de Osaka), Japón.
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Lanzamiento del primer largometraje de Gainax, "Royal Space Force: The Wings of Honnêamise".
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Gainax también se asoció con otros grupos para crear varias obras, como un vídeo promocional en 1987 para la canción "Marionette" de Boøwy
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Estreno de la serie de televisión "Fushigi no Umi no Nadia" (Nadia: The Secret of Blue Water), creada por Hideaki Anno y financiada por NHK.
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El estudio produjo una serie de dos OVAs, Otaku no Video, que mezcla secuencias de animación y entrevistas (falsas) con antiguos otakus (mayormente miembros de Gainax en ese momento).
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Gainax intentó desarrollar una secuela más tarde en marzo de 1992, antes de abandonarla por falta de fondos.
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Gainax también colaboró con Game Arts en 1992, resultando en el videojuego Alisia Dragoon.
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Shōji Murahama, Mahiro Maeda, Hiroshi Yamaguchi y Shinji Higuchi dejaron Gainax para fundar el estudio Gonzo.
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El estudio produjo una serie de 6 OVAs, Top wo nerae! Gunbuster, que le permitieron ganar el reconocimiento de la prensa especializada. Dirigida por Hideaki Anno, esta serie innova añadiendo un toque de erotismo, muy raro en la época en los animes, que se traduce notablemente en una atención muy particular a la animación de los senos (el Gainax Bounce).
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Durante este período, Gainax también produjo una serie de artículos como kits de garaje y videojuegos para adultos (una importante fuente de ingresos que mantenía a Gainax a flote en ocasiones, aunque a veces estaban prohibidos).
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Lanzamiento de Neon Genesis Evangelion, la serie de anime creada y dirigida por Hideaki Anno, que se convierte en un fenómeno cultural y financiero.
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Salida de Hideaki Anno de Gainax después de completar Neon Genesis Evangelion. Más tarde, Anno fundaría su propio estudio, Studio Khara.
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Se produjeron y estrenaron 2 películas de la saga de Neon Génesis Evangelion
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Obra de Masami Tsuda. Dirigida por Hideaki Anno, hizo uso de diferentes técnicas de animación como diálogos sobre la animación, escenas icónicas, bocetos de producción, tomas de ubicaciones de la vida real, imágenes repetidas, uso de versiones de animación de los paneles de manga (utilizado también en FLCL) o simplemente imprimir las líneas del diálogo que se habla sobre las pantallas estáticas
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Lanzamiento de FLCL (Fooly Cooly), una serie de anime originalmente producida como una colaboración entre Gainax y Production I.G.
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El estudio colabora en 2000 con Production I.G en FLCL
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En 2002, Gainax colaboró con Madhouse en Abenobashi Mahō☆Shōtengai.
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Gainax celebró su vigésimo aniversario con la producción de Diebuster, la secuela de Gunbuster.
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Muñecas de moda "Gainax Girls" de 2006 basadas en Momoko, creadas en colaboración con una muñeca de moda japonesa.
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Hideaki Anno, que era director, se retira de la empresa. En septiembre del mismo año establece el estudio Khara, donde Kazuya Tsurumaki y otros animadores se transferirían a la compañía.
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La serie Tengen Toppa Gurren-Lagann se convirtió en un gran éxito dentro de Japón, lo que permitió que el estudio mejorara nuevamente.
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Establece Kichijōji Tron como subdivisión para la realización de animaciones en CG.
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Toshio Okada, uno de los fundadores de Gainax, renuncia a su cargo de presidente de la junta directiva.
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En enero de 2011 se traslada de Koganei a Mitaka.
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Gainax fue demandado por A.D. Vision, que afirmó que la negativa de Gainax a aceptar el pago de una opción por los derechos perpetuos de acción en vivo de Evangelion fue un incumplimiento de contrato y había resultado en la pérdida de una oportunidad de producir la película con un estudio importante.
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En agosto de ese mismo año se retiran Hiroyuki Imaishi y Masahiko Ohtsuka para fundar el estudio Trigger.
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Gainax anunció la producción su primera serie de televisión en vivo, EA's Rock, con el director Nobuhiro Yamashita.
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Gainax anunció que realizaría una película de Blue Uru con Hiroyuki Yamaga como director y guionista, y Yoshiyuki Sadamoto como diseñador de personajes.
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Este mismo año sale la productora Naoko Shiraishi para fundar el estudio Millepensee
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La empresa enfrenta problemas financieros y deudas, lo que lleva a la reestructuración de la compañía y la formación de Gaina, una nueva subsidiaria de animación.
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En marzo de 2015, se inauguró un nuevo estudio (Fukushima Gainax) y un museo en Miharu, Fukushima. El nuevo estudio aceptaría trabajos del extranjero.7
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Khara demandó a Gainax por más de cien millones de yenes por retrasar pagos.
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Yamaga señaló que Gainax no tiene vínculos de capital con las compañías de tiendas creadas en ese mismo año, que llevan por nombre Yonago Gainax, Fukushima Gainax y Gainax West, junto a otras compañías en Kioto y Niigata. Ese mismo año se mudó de Mitaka a Musashino y el estudio a Koganei nuevamente.
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Gainax anunció una trilogía de películas llamada The Zero Century, basadas en el universo de Leiji Matsumoto, producidas de forma conjunta por Gainax y Production GoodBook. Las películas que compondrán la trilogía se llamarán The zero century: Emeraldas, fechada para el año 2020, The zero century: Herlock, fechada para el 2023, y The zero century: Maetel, fechada para el año 2026. Las películas estarán dirigidas por Hiroyuki Yamaga.
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Gainax vende los derechos de sus próximos proyectos Uru in Blue, Top wo Nerae! 3 y Akubi wo Suru ni wa Wake ga Aru al estudio Gaina
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Hideaki Anno anuncia que Studio Khara, su estudio de animación, se independizará completamente de Gainax.
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Hiroyuki Yamaga permaneció como presidente de Gainax hasta octubre de 2019 siendo reemplazado por Tomohiro Maki.
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Tomohiro Maki fue arrestado por cometer una agresión sexual en diciembre del mismo año, desde entonces el estudio es presidido por Yasuhiro Kamimura.
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Gainax enfrenta una serie de controversias legales y financieras, incluidas acusaciones de evasión de impuestos y problemas relacionados con el uso indebido de fondos.
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Se reportan más problemas financieros y legales para Gainax, incluida una sentencia judicial por evasión fiscal.