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Creación de la Secretaría de la Contraloría General de la Federación (SECOGEF) con la función de generar una política de control y seguimiento del trabajo gubernamental
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Introducción de auditorías integrales y conceptos de medición de desempeño de la nueva contraloría. El Sistema Nacional de Planeación y la Ley exigen presentación de indicadores financieros y físicos al Congreso.
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El programa de modernización de la Administración Pública (PROMAP) introduce indicadores de desempeño, evaluaciones internas, y conceptos de rendición de cuentas, gestión basada en resultados y presupuesto pasado en resultados.
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De acuerdo con Myriam Cardozo, a partir de 1997, con la creación del Programa de Educación, Salud y Alimentación (Progresa), el proceso de evaluación de programas gubernamentales en México comenzó a instrumentarse de manera sistemática. El mismo se generalizó obligatoriamente para todos los programas gubernamentales sujetos a Reglas de Operación, con base en una decisión incluida en la discusión del Presupuesto de Egresos de la Federación (PEF)
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La Cámara de Diputados consideró importante rescatar la experiencia de la Auditoría Superior de la Federación (ASF) en la realización de auditorías de desempeño desde 2001.
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Anteriormente (SECOGEF) y en 2003 se transformó en la Secretaría de la Función Pública (SFP) con la función de controlar normativamente la gestión, y evaluaría el desempeño de cada órgano a partir de los indicadores de desempeño creados en materias como la reducción de la corrupción, el desempeño operativo y los resultados estratégicos de cada dependencia y entidad.
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Con la creación del CONEVAL se consolidaron los lineamientos generales para la evaluación de programas públicos buscando garantizar la imparcialidad y la ausencia de conflictos de interés en los procesos evaluatorios. el Coneval surgió como un órgano sectorizado, para fines presupuestales, a la Sedesol. El 24 de agosto de 2005 se publicó en el DOF el Decreto por el que se regula esta agencia de evaluación
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Presenta su propuesta de Sistema de Evaluación del Desempeño (SED). Sobre el particular, la Comisión de Presupuesto y Cuenta Pública (CPyCP) reconoció la contribución del SED al diseño de nuevos mecanismos para la asignación de presupuesto.
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El Decreto del presupuesto anual introduce el Plan Nacional de Evaluación Anual, herramienta para establecer un calendario de ejecución de evaluaciones de programas federales.
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El cual tiene por objeto la emisión de las normas contables y lineamientos para la generación de información financiera que aplicarán los entes públicos.
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En 2013 se promueve la desaparición de la Secretaria de la Función Pública, de conformidad con el segundo artículo transitorio del Decreto de la Ley Orgánica de la Administración Pública Federal
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El Congreso de la Unión revoca la propuesta y reinicia funciones en 2015 con la principal función de combatir la corrupción en las estructuras institucionales del Poder Ejecutivo Federal.