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La endogamia estaba muy extendida entre los neandertales
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La endogamia comenzó a propagarse por el mundo, instalándose en la India debido a su sistema de castas. Se descubrió gracias al exceso de enfermedades genéticas recesivas en la India
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Dentro del islam, los matrimonios consanguíneos (entre primos) son una práctica común. Según Emmanuel Todd, en la esfera turca la tasa de endogamia estaría en el 15%; en el mundo árabe, en torno al 25% y llegaría a cerca del 50% en Pakistán.
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La elevada frecuencia de algunas enfermedades genéticas en la población judía de origen askenazi está vinculada al antecedente de consanguinidad y endogamia.
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La endogamia se instaló en España, cómo método para mantener el linaje, haciendo incesto entre miembros de la familia real. Las bodas entre hermanos, o padres e hijos, son incesto, y no se consideran formalmente endogamia
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El tratado Franco-Escoces que organizó el matrimonio de María, Reina de Escocia y Francisco, el hijo y heredero de Enrique II de Francia, decía que si la reina moría sin descendencia, Escocia caería al trono de Francia
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La boda en París de la princesa francesa Margarita de Valois al líder de los hugonotes de Francia, Enrique III de Navarra, fue aparentemente dispuesta para efectuar un acercamiento entre católicos y protestantes de la nación, pero resultó ser un engaño para lograr la masacre de San Bartolomé
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En los tiempos modernos, entre la realeza europea, al menos, los matrimonios entre dinastías reales se habían vuelto mucho más raros de lo que alguna vez fueron. Los miembros de las dinastías europeas se casaban con miembros de la nobleza hereditaria y muy a menudo con los plebeyos.
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Actualmente la endogamia no es tan frecuente ni si quiera en las monarquías ya que se ve como algo tabú y no trae buenas consecuencias. (causa malformaciones y síndromes)
