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Las fermentaciones fueron de los primeros biorreactores en el mundo.
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Se fermentaba y envejecía en grandes vasijas (de unos 300 litros), que se enterraban hasta el cuello para conseguir la estabilización de la temperatura de fermentación, práctica que sigue siendo habitual en Georgia en la actualidad (vino quevri).
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Se pudieron encontrar residuos de vino en fragmentos de cerámica procedentes de dos yacimientos arqueológicos de Georgia (zona al sur del Cáucaso).
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Louis Pasteur investigando la fermentación, en una serie de cuidadosos experimentos, Pasteur descubrió que calentar el vino a 55º, mataba a las bacterias sin arruinar el sabor. Ese proceso, que después se conoció como la pasteurización, salvó a la industria vinícola y consolidó la fama de Pasteur.
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Pudo obtener acetona, un disolvente cuya carencia amenazaba la producción de cordita, a través de la fermentación de la bacteria Clostridium acetobutylicum,
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Strauch y Schmidt patentaron un sistema en el que los tubos de aireación se introducían con agua y vapor para su limpieza y esterilización.
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Comienza la producción de antibióticos en biorreactores aireados mecánicamente.
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Van de Lagemaat y Pyler proponen un proceso de fermentación en medio sólido basado en la producción continua de la enzima tanasa.
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La empresa Aglaris Cell patento el primer biorreactor totalmente automático que produce células madre.
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El proyecto financiado con fondos europeos HESUB (High efficient, single-use-bioreactor simulating mammalian tissue conditions for expression and proliferation) se dedicó a desarrollar biorreactores desechables para la producción de CM, se desarrolló con éxito dos versiones de un biorreactor de perfusión de un solo uso (SUB) para el cultivo de CM humanas.
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El desarrollo de biorreactores para la producción de algas de las cuales se deriva la producción de tuberías de plástico así como biocombustible.