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Se investigó y condenó a prisión a congresistas, candidatos y ministros en el mandato de Ernesto Samper. Este proceso se abrió cuando se descubrió el financiamiento del Cartel de Cali a la campaña del entonces candidato presidencial Ernesto Samper.
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En 1998 fueron hallados 725 kilos de cocaína avaluados US $18 millones en un avión de la Fuerza Aérea Colombiana, que aterrizó en el aeropuerto de Estados Unidos. Este evento, evidenció la existencia de una organización al interior de la FAC que se dedicaba al tráfico de estupefacientes llamada el “cartel azul”, que estaría operando desde la base del Comando Aéreo de Transporte Militar
(Catam), en Bogotá. -
El periodista denunciaba a la clase política del departamento de Caldas,solicitó escoltas por las amenazas recibidas después de denunciar a Ferney Tabasco, dirigente del Partido Liberal, Después desapareció en extrañas circunstancias, según los reportes de la Fiscalía, en los meses siguientes al asesinato de Sierra, seis personas, entre sicarios y testigos del crimen, fueron acribilladas. La mayoría de ellos habían sindicado al ex diputado Ferney como el autor intelectual del asesinato.
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Orlando Sierra fue asesinado en el 2002, el periodista denunciaba a la clase política del departamento de Caldas, solicitó escoltas por las amenazas recibidas después de denunciar a Ferney Tabasco, dirigente del Partido Liberal, después desapareció en extrañas circunstancias; según la Fiscalía, en los meses siguientes al asesinato de Sierra, seis personas, entre sicarios y testigos del crimen, fueron acribilladas, ellos habían sindicado a Ferney como el autor intelectual del asesinato.
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La Dirección Nacional de Estupefacientes (DNE) fue creada para coordinar algunas políticas del estado en materia de drogas y estupefacientes relacionadas con el decomiso y administración de bienes adquiridos con dineros producto de la comisión de los delitos denarcotráfico En el 2004 la entidad se vio involucrada en el cobro de comisiones a cambio del arriendo de casas fincas y demás inmuebles incautados al narcotráfico, situación que involucró directamente al entonces director Alfonso Plazas
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Se desató un escándalo en la opinión pública al transmitir un video en el que el gobernador Pérez aparece recibiendo una importante suma de dinero para el financiamiento de su campaña a Gobernador dicho dinero habría sido entregado a mediados del 2003 por Luis Sacristán alias "Fox", conocido por ser el vocero político del grupo de paramilitares liderado por alias “Martín Llanos”. Pérez reconoció la autenticidad del video, pero insistió en que se trataba de una celada del grupo paramilitar
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Esta entidad encargada de la administración del régimen pensional perdió millones de pesos por fraudes en el manejo de pensiones los abogados Omar y Armando Cabrera falsificaron una tutela en la que con la complicidad de funcionarios de la Caja y de la ex secretaria del Juzgado Rosalba Fonseca, ordenaba la reliquidación pensional y laboral por orden del Juzgado se les incrementaron las mesadas pensionales que fueron cobradas hasta el año 2005 la Fiscalía estableció que dicha tutela no existió.
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El escándalo estalló al revelarse que entre abril y mayo de 2006 época preelectoral donde el presidente Uribe hacía campaña para su primera reelección habían sido interceptadas más de 100 personas Entre éstas se destacan candidatos a la presidencia miembros de la oposición magistrados de las Altas Cortes periodistas, entre otros
Según un funcionario al estallar el escándalo fueron destruidos CDs, discos duros, archivos de voces y documentos confidenciales en la sede principal del DAS en Bogotá. -
En el 2006 la Superintendencia de Salud de Colombia adelantó importantes acciones de vigilancia a las entidades del sector salud del departamento del Chocó, una de ellas, la intervención del hospital San Francisco de Asís, de Quibdó el más grande del departamento. En dicho hospital, la superintendencia encontró problemas de ineficiencia bajos estándares de calidad y ausencia de gestión en riesgos hospitalarios, así como cuentas sin pagar superiores a $5.413 millones de pesos colombianos.
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Carimagua son predios ubicados en el Meta que habían sido prometidos a desplazados en el 2004 por el ICDR el entonces ministro de Agricultura Andrés Arias, anunció dijo que dichos terrenos serían entregados la exposición hecha por parte de Arias desató una serie de polémicas y acusaciones contra el Gobierno Nacional por la contradicción en la destinación de las tierras y se suspendió la licitación que entregaría a privados 15.000 hectáreas.
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Estalló el escándalo por el descubrimiento del desvío de millonarias sumas de dinero por parte de la directiva de Interbolsa de su "Fondo Premium" para su uso personal. Se estima que los perjuicios ascienden a más de 340 millones de pesos, perjudicando a más de 1.200 inversionistas, originando también su intervención por parte de la Superfinanciera y posterior quiebra.Por este hecho fueron enviados a la cárcel los miembros de la Junta Directiva de Interbolsa Tomás Jaramillo y Juan Carlos Ortiz.
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El General Retirado Santoyo Jefe de Seguridad de Uribe quien estaba siendo investigado por narcotráfico en USA admitió en una corte del Distrito haber ayudado a las Autodefensas Unidas de Colombia Debido a la controversia Uribe indicó que desconocía las "andanzas" de el, Sin embargo sectores políticos de izquierda manifestaron que Uribe si había intervenido en la promoción de Santoyo y que éste contribuyó en el establecimiento de la relación del entonces presidente con el narcoparamilitarismo.
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El gobernador de Casanare, fue condenado por la Corte Suprema de Justicia a 18 años de cárcel e inhabilitado para ejercer cargos en el sector público de por vida, debido a la pérdida injustificada de $63.000 millones de pesos correspondientes a las regalías petroleras del departamento en fiduciarias.
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La Fiscalía capturó al exalcalde de Bucaramanga, Héctor Moreno, imputándole cargos de falsedad en documento público y privado, falsedad por ocultamiento, peculado por apropiación y celebración indebida de contratos, ya que en el tiempo que estuvo a cargo de la administración de la ciudad firmó contratos por más de $2.000 millones de pesos haber pasado por el proceso de licitación respectivo.
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Fueron capturadas en Armenia por la Fiscalía 15 personas sospechosas de integrar una red que cometió un millonario desfalco a la Administradora Colombiana de Pensiones,a quienes se les imputaron los delitos de fraude procesal, falsedad en documento y estafa. Según autoridades habrían conspirado para apropiarse de unos $1.400 millones de pesos de Colpensiones, debido a que la entidad fue defraudada durante años por esta "empresa criminal" encabezada por un abogado.
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En agosto fueron capturados 11 miembros de la Rama Judicial de Barranquilla, entre jueces, fiscales, comisarios de familia y abogados litigantes, todos por los delitos de concierto para delinquir, prevaricato por acción agravada y falsedad ideológica en documento público.La Fiscalía descubrió, luego de pesquisas a procesos judiciales, que los funcionarios dictaban fallos que favorecían a peligrosos delincuentes de la ciudad a cambio de dinero.
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Se denunció una "red de prostitución homosexual masculina" que funcionaba en la Policía Nacional desde la Escuela de Cadetes General Santander, donde algunos cadetes víctimas de esta red denunciaron haber sido abusados por el Coronel Castellanos, además de ser obligados a brindar servicios sexuales a altos oficiales de policía, congresistas y funcionarios enquistados en altos cargos del gobierno.
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Miles de inversionistas fueran estafados al invertir en el mercado secundario de libranzas, a través de empresas como Estraval y Elite, aliadas con ciertas cooperativas de libranzas, resultaron no estar respaldados por los montos establecidos. Según la Fiscalía esto no fue por omisión, sino que estas empresas modificaron el mercado secundario, para introducirse y hacer captación masiva e ilegal de fondos; básicamente, un esquema de pirámide.
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A finales de diciembre, la expidió tres órdenes de captura, contra tres funcionarios de la Contraloría Distrital de Bogotá, debido a unas grabaciones dadas a conocer por la periodista Darcy Quinn de Caracol Radio, donde se expone a Hermelina Angulo, exigiendo $60 millones de pesos a un interventor de obras en la capital, para archivarle una investigación por presuntas irregularidades encontradas en auditorías hechas por el ente fiscalizador.
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Las tres grandes empresas de la industria del cuaderno en Colombia (Carvajal, Scribe y Kimberly) fueron sancionadas en febrero por parte de la Superintendencia de Industria y Comercio, debido a una alianza descubierta entre ellas para eliminar la competencia e inflar los precios de estos útiles escolares a sus intereses, perjudicando a los padres de familia consumidores de estos productos, pactos hechos en 2011 y 2014. las empresas fueron sancionadas con una multa de 60 millones de pesos.
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A finales de diciembre de 2016, el Departamento de Justicia de los Estados Unidos publicó una investigación sobre la constructora brasileña Odebrecht, en la que se detalla que la misma habría realizado sobornos a funcionarios públicos de los gobiernos de 12 países para obtener beneficios en contrataciones públicas, entre ellos, Colombia.
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Fueron capturados por la Fiscalía la alcaldesa en ejercicio del municipio de Miriam Carrascal, por los delitos de violación del régimen de inhabilidades y celebración indebida de contratos, con la respectiva medida de aseguramiento en establecimiento carcelario a cada uno por parte de un juez, la alcaldesa firmó un contrato por 80 millones con un contratista que habría financiado su campaña electoral para la alcaldía.
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Se descubrió que a través de empresas de papel funcionarios de Coljuegos engañaron al Estado generando detrimento patrimonial superior a los 2 mil millones de pesos, entregando contratos "a dedo" para activar unas máquinas tragamonedas que habían sido dadas de baja después de haber sido incautadas por Etesa, A los capturados se les imputaran los delitos de celebración indebida de contratos falsedad ideológica en documento público y concierto para delinquir con fines de enriquecimiento ilícito.
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luego de una investigación hecha por la Fiscalía fue condenado en juicio por el delito de prevaricato por acción en concurso homogéneo y sucesivo con medida de aseguramiento en prisión, luego de decidir varios fallos de tutela que no estaban conformes a la ley como el de algunos extrabajadores de la estatal petrolera Ecopetrol, participantes de una huelga en 2004 que buscaban su reintegro y liquidación de derechos laborales.
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la Superintendencia de Industria y Comercio formuló pliego de cargos contra 9 empresas privadas. Estas empresas y personas se pusieron de acuerdo para repartir contratos y alterar los precios de las raciones alimenticias, que eran acordados previamente con los proveedores, para hacerse con una parte del dinero destinado a la alimentación de los uniformados, constituyendo una presunta colusión en licitación pública.
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En agosto, la Fiscalía General de la Nación destapó un nuevo escándalo de "chuzadas" o interceptaciones ilegales desde dos empresas de seguridad, donde se habrían copiado información de inteligencia sobre movimientos, ubicación y operaciones de objetivos militares, políticos y sus familiares, además de otras personalidades nacionales e internacionales.
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Fue capturado en flagrancia Carlos Bermeo, funcionario de la Fiscalía para incidir en la extradición a Estados Unidos del exguerrillero de las FARC, alias Jesús Santrich, quien se habría reunido con carteles mexicanos para conspirar en el envío de cocaína al exterior, acto ilícito que habría ocurrido, presuntamente, luego de la firma de los acuerdos de paz entre el gobierno y las FARC.
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Es capturado Omar Ambuila, funcionario de la Dirección de Impuestos y Aduanas Nacionales, DIAN por hacer parte de un esquema de corrupción al interior de la entidad gubernamental que permitía el ingreso sin control de contrabando al país, entre otras irregularidades, a través del puerto de Buenaventura.
