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Hernán Cortes desembarcó en las costas de Cozumel en 1519 para llegar posteriormente a Yucatán y de ahí proseguir su trayecto a Veracruz para continuar y llegar al territorio Azteca. Fue recibido amablemente por Moctezuma quien muere a manos de los españoles, le sucede en el trono Cuitláhuac quien muere rápidamente a consecuencia de viruela que fue introducida al nuevo mundo por los españoles y sube posteriormente Cuauhtémoc quien es hecho prisionero de los españoles. -
Alfonso de Ávalos llegó al sur de Jalisco en 1524 (en ese entonces territorio de Nueva Galicia) y se quedó con la encomienda conocida en un futuro como Provincia de Ávalos. Ésta, junto con otra serie de provincias, constituían las conocidas Provincias Subalternas, que hoy conforman el estado de Jalisco. La colonización definitiva de estas tierras fue en la expedición de Nuño Beltrán de 1529. -
Gracias a su rivalidad con Cortés, Beltrán consiguió un permiso para montar una expedición con unos 300 españoles, más de 6000 indios auxiliares y cañones con el objetivo de explorar las tierras occidentales del actual México y encontrar una civilización parecida o superior en importancia a los Aztecas. Nuño tenia pensado arrebatarle territorio a Cortés.
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Al frente de 300 españoles, de 7000 a 8000 indios y con 12 piezas de artillería, el “muy magnífico señor” (llamado así gracias a su título como presidente de la Real Audiencia) Nuño Beltrán de Guzmán partió de la Ciudad de México, y pasó por el rumbo de Toluca e Ixtlahuaca hasta Tzintzuntzan (Michoacán). -
En el año de 1530 llegaron españoles comandados por Nuño Beltrán a Nochistlán, sin embargo, no encontraron habitantes pues se habían refugiado en la sierra. Dos años después, en 1532 Juan Oñate llegó a fundar la Villa de Guadalajara por 42 vecinos, sin embargo, duró poco menos de un año en ese lugar, cuando se decidió trasladar la ciudad a un lugar donde hubiera más agua y mejores condiciones de vida. -
En recuerdo de la ciudad de Santiago de Compostela de España y en cumplimiento de una real cédula dada en Ocaña por la reina de España doña Juana de Castilla, en enero de 1532 Nuño de Guzmán funda en Tepic la nueva ciudad de Santiago de Compostela como la capital de la Nueva Galicia. Otra causa de su fundación era el de buscar la comunicación con el Golfo de México. -
Debido a las desventajas que tenía Nochistlán, los españoles decidieron mover la ubicación de la Villa de Guadalajara hasta Tonalá, por considerar que era un lugar con más agua y un terreno menos accidentado. Por aproximadamente 18 meses la villa se asentó en este lugar desde el 8 de agosto de 1533 hasta febrero de 1535. -
Dos años más tarde en 1535 Guadalajara volvió a moverse a Tlacotán. En esa zona, la población era constantemente atacada por los indígenas por lo que se reforzaron las defensas. Después de un ataque muy fuerte de 7 días, murió Pedro de Alvarado que era uno de los conquistadores de Tenochtitlán, por lo que se decidió volver a mudar el asentamiento. -
Los indios ya llevaban tiempo siendo sometidos, sin embargo, ellos se cansaron, se aliaron con otros grupos indios para formar a los Chichimecas y se revelaron en contra de los españoles. Esta guerra duró 2 años, pero, los nativos no pudieron seguir el ritmo de la batalla durante ese tiempo. Por consecuencia, la guerra fue ganada por los españoles y ejecutaron a los líderes Chichimecas.
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Finalmente después de tantos años, el 14 de febrero de 1542, la ciudad de Guadalajara fue fundada por cuarta y última vez en el Valle de Atemajac, sobre el margen del río San Juan de Dios. Los primeros habitantes de Guadalajara fueron españoles peninsulares e indígenas, se calcula que la población inicial de la ciudad fue de aproximadamente 300 habitantes. -
La forma de Guzmán para colonizar se caracterizó por su violencia contra los indígenas. Desde el inicio se habían dado quejas tanto de españoles como de indios. La Corona española se alertó, decidió enjuiciarlo y envió al licenciado Diego Pérez de la Torre para investigarlo. Lo encontraron gravemente responsable, le quitaron el gobierno de la provincia y lo remitió preso con grilletes a España
