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En Tenochtitlan, los españoles son recibidos por el emperador. Tiempo después Cortes se tiene que ir y los mexicas se rebelan contra el ejército y en esta el emperador Moctezuma muere y queda a cargo Cuitláhuac que mure de viruela, lo sustituye Cuauhtémoc, Cortes regresa más fuerte y somete primero a los pueblos próximos a México y luego ataca a la ciudad, le costó mucho trabajo ya que los mexicas lucharon, a los 3 meses el emperador decidió abandonar la ciudad, siendo aprendido.
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Alonso de Ávalos llegó al sur de Jalisco y se quedó con la encomienda, más tarde conocida como Provincia de Ávalos
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El licenciado de la Noble Casa de los Guzmanes Nuño Beltrán de Guzmán familia de comendadores, presidente de la primera Real Audiencia de la Nueva España y gobernador de Pánuco, provincia de la costa del Golfo de México —a la que pretendía enlazar a otra provincia en el Océano Pacífico, totalmente independiente de la Nueva España—, y en abierta rivalidad con Hernán Cortés.
Hace la conquista y la colonización definitivas de las tierras de Alonso de Avalos -
El 25 de enero de 1531 desde Ocaña, la emperatriz Isabel –en ausencia del emperador Carlos I – expidió una real cédula en la cual le ordenó a Nuño Beltrán que cambiara el nombre de la Conquista de la Mayor España por el de Reino o Provincia de la Nueva Galicia, y que fundara una capital de sus conquistas con el nombre de Santiago Galicia de Compostela, lo cual ejecutó al recibir la cédula.
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El capitán Juan de Oñate, por órdenes de Nuño de Guzmán, fundó Guadalajara en Nochistlán hoy estado de zacatecas, en la región cazcana, dándole este nombre en honor de la patria del conquistador. En 1533, Nuño de Guzmán visitó la villa de Guadalajara, pero cuando este se dio cuenta de la poca agua y los ataques de los cazcanes, decidió trasladarlo a otro lugar, pero siempre dentro de la región cazcana, condicionando el cambio a que no fueran a cruzar la barranca hacia el sur.
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Los comisionados sugirieron el poblado de Tlacotlán, lo cual aprobó el conquistador. Pero los colonos hicieron caso omiso de la condición, y atravesaron la barranca y el rio Santiago estableciéndose en el valle de Tonalá. Esta población nómada no duro mucho tiempo en ese lugar, ya que, al instaurarse en un terreno administrado por la Nueva España, le asignaron un corregidor; debido a que sus pobladores preferían tener mayor autonomía, decidieron desplazarse por segunda ocasión.
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Nuño Beltrán ordenó que Guadalajara se trasladara a Tlacotan, al borde de la barranca, el emperador Carlos I, la nombro ciudad y le concedió su escudo de armas.
La ciudad, sufría el ataque de tribus aliadas obligando al gobernador Cristóbal de Oñate que pide ayuda en 1540 al virrey Antonio de Mendoza, quien envió como refuerzos a Pedro de Alvarado, Pero éste fue derrotado.
Dos días después, Cristóbal de Oñate convocó a sesión al Cabildo para discutir el traslado. -
Nuño de Guzmán Partió a la Ciudad de México donde fue encarcelado y más tarde se le condujo a España, donde enfrentó el juicio de residencia, y murió en la miseria en 1550.
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Guadalajara se estableció en el valle de Atemajac. En tanto el virrey Antonio de Mendoza, inquieto por la muerte de Pedro de Alvarado, al frente de un ejército grande de indios, nahuas, purépechas y algunos españoles, se fue a la Nueva Galicia para hacer una campaña contra estos, que culminó con el sitio y la toma del peñol del Miztón. Fray Antonio de Segovia salvo del exterminio a los alzados, al hablar con el virrey De Mendoza, para cambiar las armas por misericordia y justicia.
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Finalmente, Guadalajara dejó de ser una ciudad itinerante; el gobernador del Reino de la Nueva Galicia, Cristóbal de Oñate, nombró a Miguel de Ibarra como su primer alcalde mayor, asentándose en el valle de Atemajac con sesenta y tres habitantes, de los cuales seis eran extremeños, dieciséis castellanos, once vizcaínos, trece andaluces, nueve montañeses y ocho portugueses.
