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Al morir Moctezuma sube al poder Cuitláhuac pero poco puede hacer por su imperio ya que muere pronto a causa de la viruela y lo sucede en el trono el joven Cuauhtémoc . El 13 de agosto de 1521 Cuauhtémoc fue capturado, lo que significó la definitiva caída de Tenochtitlán en manos de los españoles.
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Al frente de trescientos españoles, de siete a ocho mil indios y con doce piezas de artillería, el “muy magnífico señor” –título que le correspondía como presidente de la Real Audiencia– Nuño Beltrán de Guzmán partió de la Ciudad de México, y pasó por Tzintzuntzan hacia los actuales territorios de Jalisco.
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Hacia 1524, Alonso de Ávalos llegó al sur de Jalisco y se quedó con la encomienda más tarde conocida como Provincia de Ávalos.
Pero la conquista y la colonización definitivas de estas tierras fueron emprendidas en diciembre de 1529 por el licenciado Nuño Beltrán de Guzmán de la Noble Casa de los Guzmanes. -
Nuño de Guzmán consiguió permiso para explorar las tierras occidentales del actual México, aún sin explorar, y montó una expedición con unos 300 españoles, algo más de 6 mil indios auxiliares y cañones, que partió el 21 de diciembre del año 1529.El objetivo de la expedición era encontrar una civilización parecida o superior en importancia a los Aztecas.
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La reina Isabel decreto que se fundara una capital de sus conquistas con el nombre de Santiago Galicia de Compostela, lo cual ejecutó al recibir la cédula en enero de 1532.Lo anterior se había logrado como uno de los capítulos más violentos y devastadores de la conquista española, lo cual provocó el gran colapso demográfico de las poblaciones indígenas de la costa del Pacífico del incipiente Reino de la Nueva Galicia,
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Por instrucciones de Nuño Beltrán de Guzmán, aproximadamente el 5 de enero de 1532, Juan de Oñate fundó la primera villa de Guadalajara en una meseta que está frente a Nochistlán, Zacatecas.
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La segunda Guadalajara se asentó en Tonalá más que constituir un poblamiento, fue más bien una villa arrimada, ya que el poblado estaba en pugna entre la Corte, el Virrey y los vecinos. Luego también de haber permanecido poco tiempo, contra su voluntad Juan de Oñate se cambio en 1535 a las cercanías del pueblo indígena de Tlacotán.
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En 1536, se comisionó, desde Toledo, al licenciado Diego Pérez de la Torre para formar juicio a Nuño Beltrán de Guzmán. Guzmán quiso adelantarse a España para responder en persona y primero se dirigió a la ciudad de México en donde se entrevistó con el Virrey Antonio de Mendoza. Allí, Pérez de la Torre, le tomó prisionero y dos años más tarde fue enviado a la Metrópoli, en donde enfrentó tres Juicios de Residencia.
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La Guerra del Miztón o Mixtón fue una serie de enfrentamientos bélicos entre varias tribus indígenas —denominadas de forma genérica chichimecas— pertenecientes a la audiencia de Nueva Galicia, al poniente de la Nueva España, que se sublevaron contra el ejército español a mediados del siglo XVI.
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El 30 de septiembre de 1541 los indígenas armados de valor decidieron tomar la villa de Tlacotán, Doña Beatriz Hernández, esposa de Juan Sánchez de Olea dijo: “señor el rey es mi gallo y yo soy del parecer que nos pasemos al valle de Atemajac y si otra cosa se hace será de servicio de Dios y del Rey.
Por fin el martes 14 de febrero de 1542, Cristóbal de Oñate dio por acabado el angustioso peregrinar de Guadalajara.