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Pedro Alvarado planeo y penetró una masacre de Mexicas en ausencia de cortés, lo que puso a los Mexicas en acecho, apedrearon Cuauhtémoc y echaron a los caxtiltecas de.forma forzada luego Moctezuma fue capturado y asesinado quedando como la definitiva caída de Tenochtitlán a manos de los españoles en 1521
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Alonso Avalos llego por Mazamitla en 1521 y fue recibido en paz por los señoríos de la región, y en una real cédula del 22 de diciembre dice que Alonso fundo la ciudad de sayula como capital de la provincia de Avalos, pero después fue que llego al sur de Jalisco donde fundo la provincia de Avalos en 1524
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Nuño de Guzmán partió de la ciudad de México en diciembre de 1529 al frente de un gran ejercito de soldados españoles y miles de indios sometidos en busca del legendario reino de las amazonas que la tradición situaba hacia el noreste mas allá del actual Sinaloa
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Como parte de un movimiento político el monarca le otorgo el liderazgo a Beltrán en vez de a Cortés para limitar el poder del mismo en 1528 y Beltrán partió a sus primeras expediciones el 21 de Diciembre de 1529
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La principal Villa de Guadalajara fue fundado por 42 vecinos en 1532, en la Mesa del Cerro (a la orilla de Nochistlán en la provincia del Teúl), hoy conocida como San Juan. Sin embargo, duró poco la Villa en este sitio luego de sufrir ataques por los Senju. Con la anuencia de Cristóbal de Oñate y compañía decidieron mover el establesimiento
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Después de una deliberación con los vecinos y ante la negativa de Cristóbal de Oñate de establecerse en Tlacotán, deciden fundar la villa en Tonalá donde permanecieron durante dos años. Nuño de Guzmán recibió el título de Marqués del Valle de Tonalá, y los habitantes de la villa interferían en sus planes, por lo que a fines de 1534 los echó del lugar.
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La fundación en Tlacotán ocurrió en 1535 pero en esta última colonización, los españoles llevaban una vida ardua debido a la carencia de alimentos en el área y la total falta de actividades económicas excepto del otro lado del barranco de donde se encontraban los colonizadores. Pero los españoles ya se negaban entrar más a territorios caxcanes
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Cristóbal de Oñate que servia como explorador, en una expedición a su cargo con motivo de reclamar territorio se abatió por uno contra los naturales de Ahuacatlán y en 1540 fundo Santiago Compostela
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Por parte de los naturales de Ahuacatlán en 1532 empezó a formarse la rebelión por el inconformismo de el como los trataban con tanta crueldad, después se les ofreció una ofrenda de paz por parte del virrey a los manifestantes, pero fue rechazado así q el virrey decidió iniciar la guerra que comenzó en 1540 y finalizo no hasta dos años después de ser tremendamente hostiles y sanguinarios retomando la intensidad de las viejas crusadas
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Finalmente los 63 sobrevivientes (13 andaluces, 16 castellanos, 6 extremeños, 9 montañeses, 8 portugueses y 11 vascos) entre los que se encontraban Juan Cristóbal de Oñate, Antonio de Mendoza, Miguel de Ibarra, hallaron un lugar seguro contra el ataque de los pobladores del lugar en el valle de Atemajac. El 14 de febrero de 1542 fundaron Guadalajara por cuarta y definitiva vez.
