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Al morir Moctezuma sube al poder Cuitláhuac quien muere pronto a causa de la viruela, sube al trono Cuauhtémoc quien fue capturado, lo que significó la definitiva caída de Tenochtitlán en manos de los españoles. Fue llevado a cabo mediante la negociación entre los clanes locales y las divisiones anti-mexicas existentes y el conquistador español Hernán Cortes.
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Alonso de Ávalos llegó al sur de Jalisco y se quedó con la encomienda más tarde conocida como Provincia de Ávalos. Lo que actualmente se conoce como Sayula anteriormente era la providencia de Ávalos (primo de Hernán Cortés) pasando siendo dependencia de Nueva Galicia (Guadalajara)
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En 1528, Nuño recibió instrucciones del rey de iniciar un juicio de infidencia contra Cortés. En 1529 se inició el juicio de residencia contra Cortés debido a presiones de la audiencia, por el motivo de la muerte de su esposa Catalina Xuarez Marcaida, esto pues se le estaba acusando de haber asesinado a su propia esposa.
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Nuño consiguió permiso para explorar las tierras occidentales del actual México, aún sin explorar, y montó una expedición con unos 300 españoles, 7 mil indios y cañones, que partió el 21 de diciembre del año 1529. La conquista y la colonización definitivas de las tierras fueron emprendidas en diciembre de 1529. por el ya mencionado licenciado Nuño Beltrán de Guzmán.
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Nuño pretende aprovechar la ausencia de su enemigo para intentar arrebatarle sus territorios. El "muy magnifico señor" titulo adquirido por ser el presidente de la real audiencia, de camino en su expedición Nuño Beltrán de Guzmán partió de la Ciudad de México, y pasó por Tzintzuntzan hacia los actuales territorios de Jalisco.
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Desde Ocaña la emperatriz Isabel –en ausencia del emperador Carlos I- expidió una real cedula en la cual le ordeno que cambiara el nombre de la conquista de la mayor España por el reino de provincia de la nueva Galicia y que fundara una capital de sus conquistas con el nombre de Santiago Galicia de Compostela. Lo cual se ejecutó al recibir la cedula en 1532.
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Fue una serie de enfrentamientos bélicos entre varias tribus indígenas pertenecientes a la audiencia de Nueva Galicia, al poniente de la Nueva España, que se sublevaron contra el ejército español. La guerra del Mixtón fue la rebelión mas grande que enfrentaron los conquistadores durante la época colonial. Apenas a años después de la caída de Tenochtitlan el ejercito del virrey aplasto el alzamiento de los pueblos chichimecas.
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Hubo varios intentos previos para fundar Guadalajara, primero tuvieron que mover a la ciudad a un lugar donde hubiera más agua mejores vías de comunicación y menos tolvaneras años después se movieron por los ataques de indígenas. El 14 de febrero de 1542 se asentó la ciudad en forma definitiva y se celebró la primera reunión de cabildo en la que se nombró primer alcalde mayor a don Miguel de Ibarra
