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Después de más de dos meses de asedio, por parte de los españoles, el último emperador de Tenochtitlan, Cuauhtémoc, fue apresado mientras trataba de unir a bordo de una canoa; significando la derrota y caída de la ciudad de Tenochtitlan. -
Por el rumbo de Mazamitla, Alonso de Avalos llegó al sur de Jalisco y fundó la ciudad de Sayula, que sería la capital de la más tarde conocida como provincia de Avalos. -
En diciembre de 1529 comenzó la conquista y la colonización definitivas a cargo del licenciado Nuño Beltrán de Guzmán de la noble casa de los Guzmanes, quien estaba en una abierta rivalidad con Hernán Cortez. -
Al frente de trescientos españoles, siete mil indios y doce piezas de artillería, Nuño Beltrán partió de la ciudad de México y pasó por Tzintzuntzan hasta los actuales territorios de Jalisco, donde fue recibido pacíficamente por el Huey tlatoani Itzcapilli Tzapotzinco. -
La emperatriz Isabel le expidió una cedula a Nuño de Guzmán, en la que ordenó que cambiara el nombre de la Conquista de la Mayor España por el de Reino o Provincia de la Nueva Galicia y que fundara una capital con el de nombre de Santiago Galicia de Compostela; lo que realizó al recibir la cedula en Enero de 1532. -
Por ordenes de Nuño de Guzmán, el capitán Juan de Oñate fundó la villa de Guadalajara en Nochistlán, en la región cazana, dándole este nombre en honor a la patria del conquistador. Del vocablo árabe wad-al-hidjara cuyo significado es "río que corre entre piedras". -
Nuño de Guzmán visitó la villa de Guadalajara en Nochistlán y después de considerar las difíciles condiciones de vida de los colonos, le comisionó a Miguel de Ibarra, a Alvar Pérez y a Santiago de Aguirre para que buscaran un sitio más adecuado. Hacia agosto de 1533, los colonos de Nochistlán se establecieron en el valle de Tonalá. -
En febrero de 1536, Nuño de Guzmán ordenó que Guadalajara se trasladara a Tlacotán, de acuerdo con lo que se había acordado antes de que los colonos trasladaran Guadalajara hacia Tonalá. -
Nuño Beltrán, a finales de 1536, partió a la ciudad de México donde fue encarcelado; más tarde se le condujo a España, donde enfrentó el juicio por residencia. -
A finales del 1540 comenzó una serie de enfrentamientos bélicos iniciados por varias naciones indígenas rebeldes que devastaban la Nueva Galicia; armados con flechas atadas con correas de venados que les habían entregado los emisarios. -
En diciembre de 1541, la llamada guerra del Mixtón culminó con la toma del peñol del Mixtón por parte de los españoles, causando la derrota de los indígenas rebeldes; luego de que el Virrey Antonio de Mendoza emprendiera una arrasadora campaña contra los indios resurrectos. -
Luego de trasladar la villa de Guadalajara en varias ocasiones durante diez años, la ciudad de Guadalajara fue fundada por última vez en el valle Atemajac, el 14 de febrero de 1542.