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El florecimiento de la ciudad se realizó a costa del tributo pagados por los pueblos sometidos al poder, Cuauhtémoc que fue el último tlatoani de Mexico-Tenochtitlan que cayó el 13 de Agosto de 1521 a manos de los españoles y sus aliados indígenas todos cayeron bajo el mando de Hernan Cortes
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Atoyac fue un pequeño núcleo de población siendo de mayor importancia el poblado Cuyapacan perteneció a Zaulan y lo conquistó Alonso de Ávalos en 1521 a partir de entonces formó parte de la Provincia de Avaloa, los señoríos de la región lo recibieron en Paz, una Real cédula del 22 de diciembre de 1522 dice que don Alonso de Avalos fundo la ciudad de Sayula como capital de la provincia de Ávalos.
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Con gran número de esclavos, tropa y cañones, el 21 de diciembre de 1529 emprendió una expedicion para conquistar los reinos de la región occidental de Nueva España propomiendose llegar por la costa hasta el paralelo 40 y de allí bajar a su gobernación panuqueña y aumentar los dominios de su rey y señor con el inmenso territorio sometido desde los actuales estados de Jalisco hasta las Huastecas.
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Nuño Beltrán de Guzmán partió de la ciudad de México y paso por Tzintzuntzan hacia los actuales territorios de Jalisco. Fue recibido pacíficamente por la hueytlatoani itzcapilli Tzapotzinco fue atacado por los disidentes y tras una dura batalla que fue ganada con la llegada del apóstol Santiago el mayor se posesionó de Tonala y de las posiciones aledañas
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La idea de fundar la villa de Guadalajara en Nochistlán es de Nuño Beltrán de Guzmán quien llego el primero de Abril de 1530 a Nochistlán y permaneció por tres semanas en este lugar, gustandole el clima y las condiciones geográficas para que se formara ahí una Villa española con el nombre de Guadalajara
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Fue la rebelión más grande que enfrentaron los conquistadores durante la época colonial, apenas unos años después de la caída de Tenochtitlan, el ejército del Virrey Antonio de Mendoza aplastó el alzamiento de los pueblos chichimecas contra el despojo y el aviso de los invasores en lo que es el occidente de México e hizo escarmentar a los rebeldes.
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Después de una deliberación con los vecinos y ante la negativa de Cristóbal Oñate de establecerse en Tlacotlan deciden fundar la Villa en Tonala y los habitantes de la Villa interfería en sus planes por lo que a fines de 1534 los echo del lugar.
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Aquí se fundo Guadalajara por tercera vez y así se llamó entre los años 1535 y 1542 cuando se translado a su asentamiento actual, en el valle de Atemajac. Fue aquí en TLACOTAN dónde el rey Carlos V de España le concedió el título de ciudad de Guadalajara y le asignó un escudo de armas.
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Es una localidad y cabecera del municipio de Compostela fue fundadaor el explorador Español Cristóbal de Oñate, la región fue explorada por el capitán Francisco Cortés de San Buenaventura sobrino de Hernan Cortes dicha exploración ocurrio entre los años 1524 y 1525 sin mayores consecuencias.
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Finalmente el 14 de Febrero de 1542 la ciudad de Guadalajara fue fundada por cuarta y ultima vez en el Valle de Atemajac, sobre el margen del río San Juan de Dios
