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Desde que Cortés y sus hombres pusieron un pie en tierra continental, el tlatoani regente de Tenochtitlán en aquel tiempo, Moctezuma, estuvo enterado. La conquista española provocó destrucción y trauma. Concluyó el 13 de Agosto de 1521 , cuando Cuauhtémoc fue capturado significó la definitiva caída de Tenochtitlán en manos de los españoles.
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Al frente de trescientos españoles, de siete a ocho mil indios y con doce piezas de artillería, Nuño Beltrán de Guzmán partió de la Ciudad de México. Desde la capital purépecha de Tzintzuntzan Cristóbal de Olid incursionó por Mazamitla y llegó hasta Tamazula, de donde retornó a su centro de operaciones.
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Alonso de Ávalos llegó al sur de Jalisco y se quedó con la encomienda más tarde conocida como Provincia de Ávalos. Estuvo gobernada por el señorío de Tzaullan. Sus primitivos pobladores eran de la tribu de los cocas. Los señoríos de la región, recibieron a Ávalos de manera pacífica.
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El 21 de diciembre de 1529 emprendió una expedición para conquistar los reinos de la región occidental de Nueva España, proponiéndose llegar por la costa hasta el paralelo 40 y de allí bajar a su gobernación panuqueña, y aumentar los dominios de su rey y señor con el inmenso territorio sometido, desde los actuales estados de Jalisco, Nayarit y Sinaloa hasta las Huastecas.
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Nuño Beltrán de Guzmán acompañado por 500 soldados españoles y 15 mil mexicas, entró por La Barca rumbo a Tonallan. En su recorrido derrotó a los caciques de la región, desde Michoacán hasta Zacatecas, fundando un asentamiento que le sirviera como fuerte. Así fundó Guadalajara en lo que hoy es Nochistlán, Zacatecas.
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Desde Ocaña, la emperatriz Isabel –en ausencia del emperador Carlos I– expidió una real cédula en la cual le ordenó que cambiara el nombre de la Conquista de la Mayor España por el de Reino o Provincia de la Nueva Galicia, y que fundara una capital de sus conquistas con el nombre de Santiago Galicia de Compostela, lo cual ejecutó al recibir la cédula en enero de 1532.
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Un año después de Nochistlán, Guadalajara fue movida a la zona de Tonalá. Guadalajara cambio de domicilio a Tlacotán, lo que hoy es Ixtlahuacán del Río, aquí la ciudad era constantemente atacada por los indígenas. Después de un ataque muy fuerte, en el que murió Pedro de Alvarado, uno de los conquistadores de Tenochtitlán, la Perla Tapatía volvió a cambiar de asentamiento.
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En dicho juicio se le pedían cuentas de las responsabilidades de sus cargos. Guzmán se dirigió a la ciudad de México en donde se presentó con el Virrey Antonio. Allí el licenciado de su juicio lo tomó prisionero, y dos años más tarde fue mandado a la Metrópoli, donde se enfrentó a tres Juicios de Residencia.
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Acaecida durante 1541 y 1542, representa la primera respuesta a los maltratos y vejaciones sufridos por los naturales, fue indicio de lo que serían los siguientes 50 años de resistencia al sojuzgamiento español. El conflicto cobró más fuerza a medida que los protagonistas fueron formando más conciencia y los involucrados se dieron cuenta de los maltratos e injusticias.
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Después de pacificar la zona tras la muerte de Pedro de Alvarado, Cristóbal de Oñate convocó a sesión de Cabildo para emigrar al sur de la barranca. Ninguno llegaba a algún acuerdo ya que pensaban que a Nuño de Guzmán no le parecería un cambio más a la ciudad. Finalmente, el 14 de febrero de 1542, 63 peninsulares jefes de familia fundaron la cuarta y definitiva ciudad de Guadalajara cerca del río San Juan de Dios, parte trasera del Teatro Degollado.
