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En 1519 un grupo de españoles, que iban al mando de Hernán Cortez llego a Tenochtitlan, siendo recibidos por Moctezuma.
Este les ofrecía obsequios para que se fueran, pero solo les intrigaba mas el quedarse.
En 1521 Cuauhtémoc fue capturado.
Esto marcó la caída de Tenochtitlan. -
Alonso de Avalos llegó al sur de jalisco y se quedó con la encomienda mas tarde conocida como “Provincia de Avalos”.
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La conquista y la colonización definitivas de estas tierras fueron emprendidas en diciembre de 1529 por el licenciado Nuño Beltrán.
Al frente de trescientos españoles, de siete a ocho mil indios y con doce piezas de artillería. -
Nuño Beltrán de Guzmán partió de la Ciudad de México, y pasó por Tzintzuntzan hacia los actuales territorios de Jalisco.
El 24 de marzo de 1530 fue recibido pacíficamente por la hueytlatoani Itzcapilli Tzapotzinco. -
El 25 de enero de 1531, desde Ocaña, la emperatriz Isabel, expidió una real cédula en la cual le ordenó que cambiara el nombre de la Conquista de la Mayor España por el de Reino o Provincia de la Nueva Galicia, y que fundara una capital de sus conquistas con el nombre de Santiago Galicia de Compostela, lo cual ejecutó al recibir la cédula en enero de 1532.
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El viernes 5 de enero de 1532 el capitán Juan de Oñate, por órdenes de Nuño de Guzmán, fundó la villa de Guadalajara en Nochistlán
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Nochistlán, Tonalá, Tlacotán y Valle de Atemajac.
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Nuño de Guzmán visitó la villa de Guadalajara y consideró las difíciles condiciones de vida de los colonos, por lo que comisionó a Miguel de Ibarra, Alvar Pérez y Santiago de Aguirre para que exploraran un sitio más adecuado para la villa, pero dentro de la región.
Sugirieron el poblado de Tlacotlán, lo cual aprobó el conquistador. Pero los colonos hicieron caso omiso de la condición, y en 1533 se establecieron en el valle de Tonalá. -
Al enterarse Nuño de Guzmán que había perdido la gubernatura del Pánuco, y con el fin de aspirar a la exclusiva apropiación de los productos de Tonalá, ordenó en febrero de 1536 que, de acuerdo con lo convenido, Guadalajara se trasladara a Tlacotlán.
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Beltrán, a finales del citado 1536, partió a la Ciudad de México donde fue encarcelado y más tarde se le condujo a España, donde enfrentó el juicio de residencia, y murió en la miseria en 1550.
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En tanto el virrey Antonio de Mendoza, alarmado por la inconcebible muerte de Pedro de Alvarado, al frente de un ejército que sobrepasaba los cincuenta mil indios –nahuas y purépechas– y algunos centenares de españoles, se trasladó a la Nueva Galicia para emprender una demoledora campaña contra los indios insurrectos, que culminó con el sitio y la toma del peñol del Miztón, el 16 de diciembre de 1541.
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Guadalajara estuvo a punto de desaparecer, al grado de que los españoles atribuyeron su salvación al auxilio celestial del apóstol Santiago Matamoros y de san Miguel, a quien nombraron patrono de la ciudad.
Dos días después, Cristóbal de Oñate convocó a sesión al Cabildo de la ciudad, para discutir el traslado al valle de Atemajac, lo cual se aprobó.
Así, Guadalajara se estableció en el valle de Atemajac en febrero de 1542.