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La batalla marcó la caída del Imperio Azteca lo que sería el México mestizo de hoy y que marca el final de la primera etapa de la unión del mundo europeo y el mesoamericano, siendo la victoria de los aliados parte de la colonización española de América.
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Alonso de Avalos llegó al sur de Jalisco y se quedó en la conocida provincia de Avalos.
Fundó la ciudad de “Sayula como capital de la Provincia de Ávalos”. Pasó luego a ser dependencia de la Nueva Galicia. -
Salió de la Ciudad de México con un gran ejército, compuesto por 300 españoles y 10,000 mexicanos, otomíes, tlaxcaltecas y tarascos, en busca del reino de las amazonas.
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Nuño de Guzmán avanzó sobre la provincia de Xilotepec, para cumplir con la cédula real, fundó el primer asentamiento hispano de Nayarit en la actual ciudad de Tepic. El asentamiento español fue cambiado a Compostela.
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Después de una deliberación negativa de parte de los vecinos deciden fundar la villa en Tonalá donde permanecieron durante dos años. Nuño de Guzmán recibió el título de Marqués del Valle de Tonalá.
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Guadalajara en un principio estuvo en la Mesa del Cerro (a la orilla de Nochistlán en la provincia del Teúl), hoy conocida como San Juan. La fundó Juan Cristóbal de Oñate quien había sido comisionado por Nuño de Guzmán.
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Los españoles llevaban una mala vida debido a la carencia de alimentos en el área y la total falta de actividades económicas. Al otro lado del barranco se encontraban los colonizadores. Los españoles se negaban a entrar a esos terrenos debido a que existía una población de indígenas llamados Caxcanes, quienes estaban comandados por Tenamaxtli. Los indígenas pronto entraron en pleito con los Españoles por esas tierras y así empezó la Guerra del Mixtón.
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La Corona española resolvió enjuiciarlo y envió al licenciado Diego Pérez de la Torre para investigarlo, que lo encontró responsable, le quitó el gobierno de la provincia y lo remitió preso con grilletes a España, donde murió encarcelado en el Castillo de Torrejón de Velasco en marzo de 1558.
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Fue una serie de enfrentamientos bélicos entre varias tribus indígenas —denominadas de forma genérica chichimecas— pertenecientes a la audiencia de Nueva Galicia.
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La reina Isabel de Portugal ordenó que se nombrara al territorio conquistado como Reino de la Nueva Galicia y se fundase una ciudad con el nombre de Santiago de Galicia de Compostela como capital.
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Finalmente los 63 sobrevivientes entre ellos se encontraban Juan Cristóbal de Oñate, Antonio de Mendoza, Miguel de Ibarra, Nuño de Guzmán, hallaron un lugar seguro contra el ataque de los pobladores del lugar en el valle de Atemajac (en un sitio llamado Tetlán por los nativos).