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El ermitaño Pelayo le mostró a Teodomiro, obispo de Iria Flavia, el sepulcro del apóstol Santiago en lo alto del monte Libredón.
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Cuauhtémoc fue capturado, lo que significó la definitiva caída de Tenochtitlán en manos de los españoles.
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Nuño Beltrán de Guzmán, al frente de trescientos españoles, de siete a ocho mil indios y con doce piezas de artillería partió de la Ciudad de México, y pasó por Tzintzuntzan hacia los actuales territorios de Jalisco.
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Nuño de Guzmán consiguió permiso para explorar las tierras occidentales del actual México, aún sin explorar, y montó una expedición con unos 300 españoles, algo más de 6 mil indios auxiliares y cañones.
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Nuño Beltrán de Guzmán fundó Guadalajara en lo que hoy es Nochistlán, Zacatecas acompañado por 500 soldados españoles y 15 mil mexicas, entró por La Barca rumbo a Tonallan. En su recorrido derrotó a los caciques de la región, desde Michoacán hasta Zacatecas, fundando un asentamiento que le sirviera como fuerte.
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Después de una deliberación con los vecinos y ante la negativa de Cristóbal de Oñate de establecerse en Tlacotán, deciden fundar la villa en Tonalá donde permanecieron durante dos años. Nuño de Guzmán recibió el título de Marqués del Valle de Tonalá.
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Guadalajara cambio de domicilio a Tlacotán, lo que hoy es Ixtlahuacán del Río, aquí la ciudad era constantemente atacada por los indígenas. Después de un ataque muy fuerte, en el que murió Pedro de Alvarado, uno de los conquistadores de Tenochtitlán, la Perla Tapatía volvió a cambiar de asentamiento.
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Fue llamado a México para hacer frente a su juicio de residencia. Le llegaron entonces noticias alarmantes; las acusaciones de Zumárraga habían sido tenidas en consideración; se había ordenado su juicio de residencia, y Hernán Cortés había vuelto de España.
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Los alzados despreciaron el ofrecimiento de paz hecho por Miguel de Ibarra, y al día siguiente atacaron con tanta furia el campamento que este capitán y sus soldados habían instalado en las faldas del cerro.
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Los 63 peninsulares sobrevivientes entre los que se encontraban Juan Cristóbal de Oñate, Antonio de Mendoza, Miguel de Ibarra, el desleal marqués Nuño de Guzmán, hallaron un lugar seguro contra el ataque de los pobladores del lugar en el valle de Atemajac
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Alonso de Ávalos el Joven (hermano de Francisco) obtuvo un sitio de ganado menor y cuatro caballerías en Tizapán; en Mazamitla un sitio de ganado mayor y dos caballerías en Amacueca; le compró a Francisco Montero un sitio de ganado mayor en Amatitlán.