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La fundacion de esta ciudad se da en el siglo IX en el año de 813, pero su crecimiento poblacional se dio en el año de 915. Pero todo comenzo cuando el rey Alfonso II mando a construir una iglesia y de ahi nace esta villa. Y es ahi donde el arzobispo de Santiago y la catedral se convirtieron en el centro de poder en aquellos años.
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La caida de Tenochtitlan se dio el 13 de Agosto de 1521, todo ocurrio cuando Hernan Cortes llego a la ciudad de Tenochtitlan y capturo a Cuauhtemoc y desde ese momento la ciudad cayo en manos de los españoles. A partir de esa fecha inicia el periodo de la historia de Mexico conocido como Colonia, la cual duro tres siglos.
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Nuño Beltran fue llamada por Carlos I en Sevilla para que iniciara un viaje hacia America. El viaje fue horroroso, era tormentoso, se perdio una carabela, por lo cual quedo varado 7 meses en Santo Domingo. Pudiendo retomar su viaje y llegar a Panuco el 24 de mayo de 1527.
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Fue en el año de 1524 cuando Alonso de Avalos llego al sur de Jalisco y se quedo en encomienda, lugar donde se conocio como Provincia de Avalos. Pero la conquista de estas tierras fue expedida por Nuño Beltran de Guzman.
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En el año de 1528, Nuño Beltran de Guzman recibio instrucciones del rey de iniciar del rey de iniciar un juicio de infidencia contra Cortes. Fue hasta en 1529 cuando se inicio el juicio de residencia. Fue ahi donde ya empezaban a tener problemas entre Cortes y Beltran.
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Nuño Beltran de Guzman, irrumpio salvajemente en el occidente de Mexico. Realizando torturas y matas de Tanganxoan II, creyendo que este ocultaba riquezas
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La original Villa de Guadalajara fue fundada el 5 de enero de 1532 en la mesa del cerro por cuarenta y dos vecinos. En lo que hoy es conocido como San Juan. Sin embargo esta duro muy poco por los ataques de Senju. Por lo cual se decidio mudar el asentamiento
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Después de una deliberación con los vecinos y ante la negativa de Cristóbal de Oñate de establecerse en Tlacotán, deciden fundar la villa en Tonalá donde permanecieron durante dos años. Nuño de Guzmán recibió el título de Marqués del Valle de Tonalá, y los habitantes de la villa interferían en sus planes, por lo que a fines de 1534 los echó del lugar.
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La fundación en Tlacotlán ocurrió en 1535 pero en esta última colonización, los españoles llevaban una vida ardua debido a la carencia de alimentos en el área y la total falta de actividades económicas excepto del otro lado del barranco de donde se encontraban los colonizadores. Pero los españoles ya se negaban entrar más a territorios caxcanes, quienes estaban comandados por Tenamaxtli. Sin embargo, los indígenas pronto entraron en pleito con los españoles por esas tierras.
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La Guerra del Miztón o Mixtón fue una serie de enfrentamientos bélicos entre varias tribus indígenas —denominadas de forma genérica chichimecas— pertenecientes a la audiencia de Nueva Galicia, al poniente de la Nueva España, que se sublevaron contra el ejército español a mediados del siglo XVI. Durante esa época, varios pueblos indígenas ya habían sido conquistados previamente por los españoles, pero unidos rehusaron el sometimiento y se levantaron en armas.
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Finalmente los 63 sobrevivientes (13 andaluces, 16 castellanos, 6 extremeños, 9 montañeses, 8 portugueses y 11 vascos) entre los que se encontraban Juan Cristóbal de Oñate, Antonio de Mendoza, Miguel de Ibarra, hallaron un lugar seguro contra el ataque de los pobladores del lugar en el valle de Atemajac (en un sitio llamado Tetlán por los nativos). El 14 de febrero de 1542 fundaron Guadalajara por cuarta y definitiva vez.
En agosto llegaron a la villa el título de ciudad y el escudo.
