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El 13 de agosto de 1521 Cuauhtémoc fue capturado, lo que significó la definitiva caída de Tenochtitlán en manos de los españoles. A partir de esta fecha inicia el periodo de la historia de México conocido conocida como la colonia que dura tres siglos de 1521 a 1821.En los meses intermedios, entre la fecha del encuentro y los últimos días de junio de 1520.
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Al frente de trescientos españoles, de siete a ocho mil indios y con doce piezas de artillería, el “muy magnífico señor” –título que le correspondía como presidente de la Real Audiencia– Nuño Beltrán de Guzmán partió de la Ciudad de México, y pasó por Tzintzuntzan hacia los actuales territorios de Jalisco.
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Francisco Cortés de San Buenaventura, fue nombrado lugarteniente por su pariente Hernán Cortés. De Colima avanzó hacia Cihuatlán y luego viró hacia Autlán y Etzatlán, y continuó hacia el norte hasta el río Santiago. Hacia 1524, Alonso de Ávalos llegó al sur de Jalisco y se quedó con la encomienda más tarde conocida como Provincia de Ávalos.
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La conquista y la colonización definitivas de estas tierras fueron emprendidas en diciembre de 1529 por el licenciado Nuño Beltrán de Guzmán de la Noble Casa de los Guzmanes, familia de comendadores, egresado de la Universidad de Alcalá de Henares, presidente de la primera Real Audiencia de la Nueva España.
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Desde 1528, Nuño de Guzmán recibió instrucciones del rey de iniciar un juicio de infidencia contra Cortés. En 1529 se inició el juicio de residencia contra Cortés debido a presiones de la audiencia, el motivo: la muerte de su esposa Catalina Xuárez Marcaida, ya que se lo acusaba de haberla asesinado. Aparecen los cargos que resultan contra Hernán Cortés.
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Fundada por indígenas tecuexes, Tonalá (antes llamada Tonalla) fue el mayor de los señoríos tecuexes conocidos.
Nuño de Guzmán, conquistador oficial de Tonalá, entró a tierras tonaltecas el 15 de marzo de 1530, recibido con obsequios y gran festejo. Fue fundada por indígenas zapotecas, quienes con el tiempo se mezclaron con otras tribus -
En recuerdo de la ciudad de Santiago de Compostela de España y en cumplimiento de una real cédula dada en Ocaña el 25 de enero de 1531 por la reina de España doña Juana de Castilla, en enero de 1532 Nuño de Guzmán funda en Tepic la nueva ciudad de Santiago de Compostela como la capital de la Nueva Galicia.
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Nochistlán
Nochistlán es una ciudad y es la cabecera municipal ubicada en el municipio de Nochistlán de Mejía en el sur del estado de Zacatecas, México. Su fundación se remonta a 1532, por lo que se considera la segunda cabecera municipal más antigua del estado de Zacatecas, por detrás de García de la Cadena. Fue fundada en 1532. -
Tlacotán es un pueblo situado a 65 kilómetros del Área Metropolitana de Guadalajara y forma parte del municipio de Ixtlahuacán del Río. Aquí se fundó Guadalajara por tercera vez y así se llamó entre los años 1535 y 1542, cuando se trasladó a su asentamiento actual, en el valle de Atemajac. Es la tercera Guadalajara.
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La Guerra del Mixtón fue una rebelión indígena en contra de la invasión y opresión española, en la provincia de Nueva Galicia, en los actuales estados de Jalisco, Zacatecas, Nayarit, Aguascalientes y Colima, el punto más álgido del conflicto se dio entre 1541 y 1542, sin embargo la rebelión inició en 1539 y había ocurrido un levantamiento previo en la región en 1537.
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Conocida como la cuarta Guadalajara. En la ciudad de Guadalajara fue fundada por cuarta y última vez en el Valle de Atemajac, sobre el margen del río San Juan de Dios. Todo esto ocurrió aproximadamente en un periodo de tiempo cerca del año 1542, a la vez que la fundación de Guadalajara.
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El 14 de febrero de 1542 se fundó y se asentó la ciudad de Guadalajara en forma definitiva y se celebró la primera reunión de cabildo en la que se nombró primer alcalde mayor a don Miguel de Ibarra. Los primeros habitantes de Guadalajara fueron españoles peninsulares e indígenas, las poblaciones eran de 300 habitantes aproximadamente.