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El Congreso nombró una Junta de Gobierno integrada por José de La Mar, Felipe Antonio Alvarado y Manuel Salazar y Baquíjano. Dicha Junta comenzó la primera campaña de intermedios contra realistas (Callao-Arica)
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Tras atacar los pueblos ubicados entre las zonas independizadas, estos fueron derrotados en Torata y Moquegua
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Esos reveses motivaron el motín de Balconcillo, el cual consistió en el primer golpe de Estado del siglo XIX y el primero que hubo en el Perú.
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El motín de Balconcillo consiguió que el Congreso nombre al primer presidente del Perú, José de la Riva Agüero y Sánchez Boquete. (Ello significó la caída de la Junta de Gobierno)
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La segunda expedición a puertos intermedios, a cargo de Andrés de Santa Cruz y Agustín Gamarra. Consistía en desembarcar las tropas independentistas en puertos menores o intermedios (Callao-Arica)para atacar fuerzas relistas, pero debido a desaciertos militares y anarquía política, fracasó.
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Los reveses militares patriotas significaron que las tropas realistas, a cargo de José de Canterac, tomaran Lima. Riva Agüero se refugió en San Felipe. (Acto heroico de José Olaya y cambio de capital a Trujiñño)
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El Congreso destituyó a Riva Agüero y nombró en su lugar a José Bernardo de Torre Tagle. Ante ello, Riva Agüero instauró un gobierno paralelo en Trujillo.
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José Bernardo de Torre Tagle promulgó la Constitución de 1823 y preparó la llegada de Bolívar.
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Bolívar llegó al Perú, después de consolidad la independencia de Venezuela (batalla de Carabobo), Colombia ("Nueva Granada", en la batalla de Boyacá) y Quita (batalla de Pichincha).
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Riva Agüero y José Bernardo fueron acusados de traición a la patria por establecer conversaciones con el virrey el temor de los criollos. El congreso suspendió la Constitución de 1823 y Bolívar paso a ser la suprema autoridad militar y política.
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Bolívar estableció su cuartel general Pativilca, luego avanzó hacia el norte y se instaló en Trujillo. Fijó dos divisiones: una dirigida por José de La Mar y la otra, por el general Antonio José de Sucre.
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Los ejércitos realistas y patriotas se encontraron en las pampas de Junín. Gracias al escuadrón Húsares de Junín, los patriotas obtuvieron una importante victoria
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Al mando del ejército realista estuvo el virrey La Serna, mientras en el patriota estuvo el mariscal Antonio José de Sucre, lugarteniente de Bolívar, quien logró el triunfo definitivo.
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Ese mismo día se firmó la Capitulación de Ayacucho( se reconoció los gastos generados por la guerra de independencia y que los españoles dejaran Perú). El virrey La Serna abandonó el Perú en el plazo establecido.
