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Durante la guerra de Independencia que el cura Miguel Hidalgo usó una bandera del Ejército Insurgente, que era un lienzo de la Virgen de Guadalupe. Ahora, este estandarte se encuentra en el Museo de Historia del Castillo de Chapultepec.
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Se trata de un rectángulo color azul, que tenía en el centro un águila con una corona, que estaba postrada sobre un nopal encima de un puente de tres arcos. Contaba con una inscripción que decía: "Oculis et unguibus ae que vitrix" que significa "Con los ojos y las garras, igualmente victoriosa".
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Es la primera vez que aparecen los colores nacionales. La bandera tiene tres franjas: blanca, verde y roja con tres estrellas doradas, una sobre cada franja. Iturbide y Guerrero la portaron al terminar la Guerra de Independencia de España.
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La bandera de del imperio de Iturbide mantiene los colores pero sitúa las franjas en posición vertical y en medio un águila coronada, parada sobre un nopal, en este caso el águila no lleva una serpiente.
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El lábaro patrio cambió cuando se estableció la Primera República Federal. El águila aparece sin corona y se colocaron laureles y olivos en la parte inferior del escudo.
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Utilizada en la defensa del Castillo de Chapultepec. Tenía el color verde en el extremo derecho, con el águila de frente y las alas extendidas devorando a la serpiente. En letras aparece inscrito "Batallón Activo de San Blas".
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El emperador Maximiliano mantuvo los colores de la bandera de Iturbide y el águila devorando a la serpiente, aunque la enmarcó como en un escudo de armas que recuerda a los de tradición europea. El escudo es coronado por una gran corona que remarca el segundo imperio de México.
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Durante la dictadura de Porfirio Díaz, la bandera volvió a cambiar. Se dispuso que el águila se representara de frente, abierta de alas, siguiendo el estilo francés que instaló en su gobierno.
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Venustiano Carranza decretó que el águila recobrara la forma que tuvo en los códices de la cultura náhuatl (de perfil izquierdo sobre un nopal).
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Durante el gobierno provisional del General Abelardo L. Rodríguez las hojas de olivo y las de encimo se alargaron, envolviendo por completo al águila con la serpiente y el nopal.
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La bandera actual de México data de 1968, cuando bajo el gobeirno de Gustavo Díaz Ordaz se decretó la "Ley sobre las características y el uso del Escudo, la Bandera y el Himno Nacionales". El dibujo del escudo se renovó con más detalles.