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Charles Darwin escribió en su diario la idea de el árbol filogenético, este idealizaba su teoría de la evolución en un diagrama de árbol
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En el 1859 Charles Darwin retoma su idea de el árbol filogenético y esta vez mas en serio puesto que aquí se crea el primer diagrama de un "árbol de la vida" de una forma pionera.
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en el 1863 el lingüista August Schleicher creó un primer árbol genealógico para representar el desarrollo de las lenguas indo-germánicas.
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En el 1866 el alemán Ernst Haeckel crea el primer "árbol de la vida" bajo el nombre de "Morfología general de los organismos" tomando las ideas de Darwin.
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en el 1923 el biólogo de nombre "Camp" propuso ciertos criterios para utilizar este método en la investigación arqueológica de aquella época.
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En el 1931 tras varios años de "inactividad" W. Zimmermann se cuestiono que otros usos alternativos se le podían dar a este tipo de diagramas, además de la teoría evolutiva y la lingüística.
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en 1950 Willi Hennig publico su libro Grundzüge einer Theorie der
phylogenetischen Systematik el cual hablaba del sistema filogenético completo. -
En 1966 el libro se tradujo al ingles abriendo la posibilidad para que mas biólogos o interesados en el tema, se puedan sumar a sus ideas.