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Nació en Berlín, Alemania. Era hijo de un pastor protestante. Se intereso por la astronomía y por la meteorología ademas de la física. Se licencio en Berlín.
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Tomo parte en una expedición danesa a Groenlandia. En dicha ocasión inicio un interesante colaboración con con el famoso meteorólogo Wladimir Köppen. Weigmar se caso con la hija de Köppen.
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Después de un viaje de estudios a América del sur, se estableció en el Observatorio Marburgo y en 1910 empezó a publicar unos volúmenes destinados a ilustrar las diversas propiedades de la atmósfera.
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El primer artículo de Alfred Wegener sobre la deriva continental se publico en 1912. Cuando fue publicado topo con una feroz oposición en los ambientes científicos.
Este mismo año Wegener participo en otra expedición a Groenlandia en busca de pruebas que confirmaran la teoría. -
Wegener combatió en la primera guerra mundial y durante un permiso preparo su famoso libro El Origen De Los Continentes Y Los Océanos. Al final de la guerra, ejerció como profesor en Hamburgo.
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En la ultima expedición a Groenlandia desapareció entre los hielos y su cuerpo no fue encontrado hasta el año siguiente. Murió en Noviembre de 1930.
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En 1930 participo en la ultima expedición a Groenlandia, siempre en busca de nuevos indicios.