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Se ha generado mucha controversía acerca de la fecha de la fundación de la Universidad pero luego de encontrar una circular que dirigió a la Provincia el Padre Fray Ignacio Salazar, recientemente elegido como Ministro Provincial y fechada en Santafé el 6 de mayo de 1688, en uno de cuyos apartes especifica que la fabrica del cuarto claustro del convento habia sido para que se utilizase como Colegio, que fue como inicialmente se conocio la Universidad como "Colegio de Estudios Superiores".
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Este día culminó la ofensiva del dictador Tomás Cipriano de Mosquera contra las comunidades religiosas con la firma del decreto que las declaraba abolidas del territorio de la Nueva Granada y confiscados todos sus bienes. Ocasionando el cierre del Colegio de San Buenaventura.
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El nuevo claustro fue puesto bajo la advocación de San Buenaventura, pudiéndose establecer en la intención de quienes llevaron a cabo la obra, un criterio histórico al unir el nombre del nuevo convento al del colonial colegio de San Buenaventura. Allí quedaron solemnemente
inaugurados los estudios, así no podamos decir que estos tuvieran todavía el carácter universitario que sí tuvieron los del antiguo Colegio. -
El Comité Administrativo, como órgano permanente del Consejo Nacional de Rectores de la Asociación Colombiana de Universidades y el Fondo Universitario Nacional, decretara la aprobación, en forma definitiva,
de la Facultad de Filosofía del Colegio Mayor de San Buenaventura, con la autorización para otorgar el grado de Licenciado en Filosofía. -
el dos de diciembre de 1965 el Definitorio provincial estudió las factibilidades que existían para la creación de una facultad de Ciencias Sociales en Medellín, con la colaboración del Movimiento Familiar Cristiano de la Arquidiócesis, proyecto que cristalizó en la apertura de la Facultad de Sociología el 29 de noviembre de 1966.
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En Cali, ciudad de raíces franciscanas y de una larga tradición seráfica, que explica el anhelo de un grupo de ciudadanos prestantes y de instituciones privadas de la comarca, abrió sus puertas el Colegio Mayor el 24 de agosto de 1970, iniciando labores con Facultades de
Derecho, Contaduría y Educación. El decidido concurso del Excelentísimo Señor Arzobispo de Cali, Alberto Uribe Urdaneta, fue elemento decisivo para el inmediato auge con que comenzó a operar. -
EL Gobierno Nacional el cambio de nombre de Colegio Mayor por el de Universidad de San Buenaventura mediante el decreto 1729 del 30 de agosto de 1973, que firmaron el Presidente de la República, Doctor Misael Pastrana Borrero y el doctor Juan Jacobo Muñoz; Ministro de Educación.
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La Universidad de San Buenaventura presentó en los años sucesivos antes el ICFES proyectos para la apertura de
programas en las áreas de Educación Preescolar, Educación Primaria y Administración Educativa, que obtuvieron en 1974 la licencia de iniciación de labores. Simultáneamente en las seccionales de Medellín y Cali se iban ampliando los programas.
