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Tuvo con él seis hijos. Por muerte de sus hermanos Juan e Isabel y de su sobrino Miguel de la Paz
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Por nacimiento, fue infanta de Castilla y Aragón. Desde joven mostró signos de indiferencia religiosa que su madre trató de mantener en secreto.
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Fue apodada «la Loca» por una supuesta enfermedad mental alegada por su padre y por su hijo para apartarla del trono y mantenerla encerrada en Tordesillas de por vida. Se ha escrito que la enfermedad podría haber sido causada por los celos hacia su marido y por el dolor que sintió tras su muerte. Esta visión de su figura fue popularizada en el Romanticismo tanto en pintura como en literatura.
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La aceptación de la «locura» de doña Juana se ha mantenido en mayor o menor medida durante el xx, pero está siendo revisada en el xxi, sobre todo a raíz de los estudios de la investigadora estadounidense Bethany Aram y de los españoles Segura Graíño y Zalama que han sacado a la luz nuevos datos sobre su figura
