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Natural de la villa vizcaína de Ondarroa, donde nació en la Casa torre Likona perteneciente a su familia.
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Loyola era el menor de 13 hermanos. Todos eran hijos de Beltrán Yáñez de Oñaz y Loyola y Marina Sáez de Licona y Balda. Su niñez la pasó en el valle de Loyola, entre las villas de Azpeitia y Azcoitia, en compañía de sus hermanos y hermanas.
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Al morir su madre, María de Velasco, la esposa de Velasquez de Cuéllar, le pidió al padre de Loyola que le mandase un hijo para educarlo en la corte; quién resultó siendo Ignacio. En el tiempo que pasa en la corte, aprende lo que un gentil hombre debe saber, el dominio de las armas. La biblioteca de Arévalo dio alas a su afición por la lectura y en cuanto a la escritura, no dejó de pulir su buena letra.
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En Barcelona, cuelga su vida militar al estar hospedado en el Monasterio Mosterrat. De esa forma llegó a Manresa, donde permanecería diez meses, ayudado por un grupo de mujeres creyentes. En esta época de su vida vivió en una cueva en donde meditó y ayunó, de todo esto nacen los Ejercicios espirituales.
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En 1523 aprendió latín y se inscribió en la universidad Alcalá de Henares. Vivió y trabajó en el Hospital de Antezana como enfermero y cocinero para los enfermos. Luego, fue a Salamanca, hablando a todos sobre sus ejercicios espirituales, cosa que no fue bien vista por las autoridades lo que le causó algunos problemas. En vista de la falta de libertad para su plática en España, decidió irse a París.
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En febrero de 1528 entró en la Universidad de París, donde permaneció más de siete años aumentando su educación y tratando de despertar el interés de los estudiantes en sus Ejercicios espirituales.
Para 1534, tenía seis seguidores clave: Francisco Javier, Pedro Fabro, Alfonso Salmerón, Diego Laínez, Nicolás de Bobadilla y Simão Rodrigues (portugués). -
El 15 de agosto de 1534 los siete juraron en Montmartre y fundaron la Sociedad de Jesús, que luego sería llamada la Compañía de Jesús. Ignacio partió para su tierra por motivos de salud y se embarcó para Venecia, donde pasó todo el año de 1536, que aprovecharía para estudiar. En 1537 llegaron sus compañeros de París.
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El papa Paulo III les dio la aprobación y les permitió ordenarse sacerdotes. Luego, partió a Roma a pedir permiso para ir a Jerusalén y se lo dieron, pero por problemas bélicos no pudieron llegar y se pusieron a las órdenes del Papa. En el viaje a Roma sucedió un hecho importante en la vida de Ignacio, tuvo una experiencia espiritual de excepcional trascendencia.
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En octubre de 1538, Ignacio se encaminó hacia Roma, junto con Fabre y Laínez, para la aprobación de la constitución de la nueva orden. Un grupo de cardenales se mostró a favor de la constitución, pero limitaba el número de sus miembros a sesenta. Esta limitación fue revocada a través de la bula Injunctum nobis. sí nacía la Societas Iesu, la Compañía de Jesús o, como se le conoce comúnmente, «los Jesuitas».
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En 1548, sus Ejercicios espirituales fueron finalmente impresos y fue llevado incluso ante la Inquisición romana, pero fue rápidamente exculpado. Ignacio, con la ayuda de su secretario Juan Alfonso de Polanco, escribió las Constituciones jesuitas, adoptadas en 1554 exigiendo absoluta abnegación y obediencia al papa y superiores. Su principio fundamental se volvió el lema jesuita: Ad maiorem Dei gloriam "A mayor gloria de Dios". La Compañía se extendió por Europa y por todo el mundo.
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En 1551 Ignacio de Loyola quiso que se le sustituyera al frente de la Compañía, pero su solicitud de renuncia fue rechazada. Surgieron divergencias en el seno de la dirección de la Compañía. Simão Rodrigues, uno de los fundadores, se rebeló contra Ignacio desde Portugal, Bobadilla criticó el modo de mando de Ignacio. Dirigió la Compañía desde su celda en Roma y fue ordenando todo lo que había ido creando hasta poco antes de su muerte. Murió el 31 de julio de 1556 en su celda en Roma.