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Nacido en el castillo de Loyola en Azpeitia, población de Guipúzcoa, cerca de los Pirineos. Hijo de Beltrán Yáñez de Oñaz, señor de Ofiaz y de Loyola.
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su breve carrera militar terminó, cuando una bala de cañón le rompió la pierna durante la lucha en defensa del castillo de Pamplona.
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Se retiró inicialmente a hacer penitencia y oración en Montserrat y Manresa, donde empezó a elaborar el método ascético de los Ejercicios espirituales
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luego peregrino a los a los Santos Lugares de Palestina.
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estudió en las universidades de Barcelona, Alcalá de Henares y Salamanca. Difunde los métodos de los ejercicios espirituales donde fue sospechoso y en Castilla fue procesado, se le prohibió la predicación y hubo de interrumpir sus estudios.
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viaja a París, en cuya universidad estudia y se licencia en artes; al año siguiente funda una fraternidad piadosa, la que más tarde sería la Compañía de Jesús.
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Miembros de la fraternidad se dirigen a Roma donde Ante la imposibilidad de marchar a hacer vida religiosa en Palestina, por la guerra contra los turcos, se ofrecieron al papa Pablo III, quien les ordenó sacerdotes.
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obtienen el permiso oral del papa Pablo III, quien dio la confirmación oficial de la orden un año después es nombrado primer general de la orden. En Roma funda los colegios Romano Germánico.
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debido a lo puesto en marcha por las reformas protestantes Las Constituciones que Ignacio le dio en 1547-50 la configuraron como una orden moderna y pragmática, concebida racionalmente, disciplinada y ligada al papa, para el cual resultaría un instrumento de gran eficacia en la «reconquista» de la sociedad por la Iglesia en la época de la Contra reforma católica.
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Fallece debido a sus graves problemas de salud.
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fue canonizado por el Papá Gregorio XV y se le venera como patrón de los retiros. Su festividad se conmemora el 31 de julio.